中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站的自然保护区事业，从国务院1980年5月4日批转《“三北”防护林建设领导小组会议纪要》中批准内蒙古建立昭乌达盟（今赤峰市）的白音敖包云杉林、哲里木盟（今通辽市）的大青沟珍贵阔叶林、巴彦淖尔盟（今巴彦淖尔市）潮格旗努登梭梭林和贺兰山水源涵养林4个自然保护区为起点，之后于1981年，由兴安盟科尔沁右翼前旗政府批准建立阿尔山温泉保护区。1984年，由乌兰察布盟（今乌兰察布市）集宁市政府批准建立以保护水源为主的坝王河水源保护区。1985年，经自治区政府批准，在内蒙古建立全国第一个草地类自然保护区——内蒙古锡林郭勒草原自然保护区。1985—1987年，兴安盟科尔沁右翼中旗、呼伦贝尔盟（今呼伦贝尔市）新巴尔虎右旗、赤峰市克什克腾旗、伊克昭盟（今鄂尔多斯市）鄂托克旗政府分别批准建立科尔沁、达赉湖两个湿地珍禽、达里诺尔珍稀鸟类、巴音敖包荒漠草原4个自然保护区。巴彦淖尔盟公署批准建立乌梁素海候鸟禁猎区。到1987年底，全区已建立各种自然保护区12个，其中自治区级4个，旗县级8个。全区保护区总面积19477.1平方公里，约占自治区总土地面积的1.5﹪。这些保护区分别属于森林、草原、湿地珍禽、沙生植物、水源地、地质等6个类型。

“七五”（1986—1990）计划期间，内蒙古已建的自然保护区大多数已进行野外勘察和总体规划设计，建立相应的保护区管理机构，并颁发有关管理条例和禁猎通知与公告。

自然保护区规划是建立自然保护区的依据。1984—1986年，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站城乡建设环境保护厅和自治区畜牧局根据国家的要求和内蒙古的实际情况，在有关部门的支持下组织编制《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站草原自然保护区规划》，并由自治区政府正式下发有关部门和盟（市）、旗县政府具体执行。这一规划包括11个草原自然保护区。总面积达50600平方公里，占自治区总土地面积的4.4%。1986年，兴安盟阿尔山矿泉保护区，经自治区总工会、林业局、地矿局、环保部门和当地有关部门的努力，也完成建立保护区的规划。

为了统筹安排全区各类自然保护区的建设、管理和科研工作，从1987年起，由自治区城乡建设环境保护部门牵头，会同自治区农委、林业、畜牧、地矿等部门开始着手编制《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站自然保护区总体规划》。

“八五”（1991—1995）计划期间，是自治区自然保护区事业发展较快的时期，5年中有3个自然保护区晋升为国家级自然保护区（达赉湖、科尔沁、贺兰山），3个晋升为自治区级自然保护区（西鄂尔多斯珍稀植物、达里诺尔鸟类、汗马原始林），其中，西鄂尔多斯、汗马为新建保护区。截至1995年底，全区已建立各级各类的自然保护区13个，保护区面积4195.5万亩，占中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站土地面积的2.36%。其中国家级自然保护区4个，自治区级的自然保护区6个。锡林郭勒草原自然保护区为全国10个国际人与生物圈保护区之一。

内蒙古自然保护区按照其对象、性质、功能、任务，可分为三种类型：

一、自然生态系统类自然保护区

这类自然保护区以保护较为完整的自然生态系统（森林、草原、水域、湿地）及生物非生物资源形成的复合体的地区。如：汗马森林生态系统自然保护区（原始森林生态系统）、锡林郭勒草原自然保护区（典型草原生态系统）、贺兰山自然保护区（山地森林生态系统），这类保护区属于不同自然地带类型并具有代表性的生态系统，这类保护区的自然景观完整，面积范围比较大，保护研究对象比较多。

二、野生动植物类自然保护区

这类自然保护区对珍稀植物资源或有特殊意义、价值和效益的各种植被类型进行保护的地区。如：克什克腾旗白音敖包自然保护区、西鄂尔多斯珍稀植物自然保护区（第三纪残遗植物四合木、半日花等集中分布地）等。建立这类自然保护区主要是为了保护国家和自治区规定的一、二级珍稀濒危植物物种，典型的植被类型和建立物种基因库，保存和研究珍稀植物及植物资源合理利用。对属于国家一、二级保护的珍稀动物及栖息环境进行保护的地区。如：达赉湖自然保护区、科尔沁自然保护区及达里诺尔自然保护区（以保护珍禽、湿地、草原为主）。这类自然保护区既是动物栖息繁殖保护地，物种储存地，也是有价值的动物资源驯化基地。