阿拉善盟额济纳旗有一条季节性内陆河，称为黑河。20世纪50年代开始，黑河中游甘肃省张掖地区用水量逐年增加，下游额济纳河断流，形成一条干涸的河槽。20世纪40年代，流入额济纳旗的水量是10.57亿立方米。截至20世纪60年代减至8亿立方米，20世纪70年代减至4亿立方米，20世纪80年代、20世纪90年代仅为2.5亿立方米，1993年仅为1.8亿立方米。20世纪60年代以来，西居延海干涸，20世纪80年代东居延海干涸，东西居延海变成碱滩和戈壁滩，地下水位普遍下降。胡杨、红柳林每年以两万亩的速度枯死，形成沙漠，导致沙漠化的扩大和绿洲的退化。

由于全年降水量逐年减少，地下水没有补充来源，水位普遍大幅度下降。阿拉善盟近2/3的人工筒井干涸，巴丹吉林和腾格里两大沙漠中的近200个湖泊50%左右已干涸，贺兰山西麓的城镇人口密集地区的用水十分困难，每当夏季来临都发生水荒，城镇进行定时划片供水。阿拉善地区生态环境恶化的关键原因是缺水。水已成为制约阿拉善经济发展和影响人畜生存的最主要因素。

1995年以来，黑河下游水量不仅没有增加，而且以每年2000万平方米的速度递减。为此，经国务院批准，水利部下发《关于实施〈黑河干流水量分配方案〉有关问题的函》，建议内蒙古自治区人民政府及水利厅等有关部门要尽快组织实施。由自治区水利厅协调甘肃省水利厅，尽快落实“黄河水利委员会黑河流域管理局”的编制问题，使管理局尽快正式开展工作。

2006年，受惠国家实施的黑河调水计划，位于黑河下游额济纳绿洲的东居延海水域面积达到38.6平方公里，创下有水文资料以来的历史最高。额济纳绿洲部分天然植被得到有效恢复，黑河下游流域内约30万亩濒临枯死的胡杨、柽柳得到抢救性保护，胡杨林面积已由2000年的34.05万亩增加到2006年的43.95万亩。结合调水计划，额济纳旗大力实施绿洲生态保护与抢救工程，对胡杨、红柳、梭梭，采取围栏封育措施，并在绿洲外围进行人工造林，尽量减少风沙侵扰。建设大型分水枢纽等配套灌溉工程，最大限度地发挥黑河水资源效益，加快改善额济纳绿洲的生态环境。通过实施调水计划，额济纳绿洲地下水位上升约10厘米，地下水位下降趋势得到遏制，局部地区生态环境开始好转。