内蒙古湿地保护工作尽管起步较晚，但在自治区党委、政府的高度重视和国家林业局的大力支持下，近年来全区湿地保护取得重大进展。

一是加快湿地保护的立法进度，在全国湿地保护的专门法律法规尚未出台的情况下，自治区已经将《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站湿地保护条例》列入人大立法计划，为依法保护湿地奠定法律基础和依据。

二是初步建立起湿地保护管理体系。截至2003年，全区林业系统已建立湿地类型自然保护区22处，面积为2715万亩，占全区湿地面积的40%，其中国家级3处，自治区级13处，盟市旗县级6处，部分湿地自然保护区建立管理机构。各盟市、旗县林业局加强湿地保护职能，配备专职的管理人员。

三是部分重要湿地得到必要的保护。2002年1月，内蒙古鄂尔多斯遗鸥国家级自然保护区、内蒙古达赉湖国家级自然保护区列入国际重要湿地。中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站湿地保护与恢复建设工程总体规划（2002—2010年）编制完成。

四是湿地生态恢复和对外交流与合作取得重大进展。2001年，开始实施内蒙古乌梁素海湿地生态保护示范工程，通过该工程的实施，得到综合治理湖泊富营养化和延缓沼泽化的科学依据和措施，也使天鹅及其他水禽在乌梁素海的繁殖和迁徙数量逐年增加，并为全国其他同类型的湖泊湿地的生态保护治理提供科学的依据和措施。内蒙古达赉湖国家级自然保护区在1994年与俄罗斯联邦和蒙古国建立达乌尔国际自然保护区。2002年，参加了挪威、瑞典在乌梁素海开展的水体富营养化综合治理项目。2003年，内蒙古科尔沁国家级自然保护区列入国家林业局GEF白鹤项目区，积极探索在保护白鹤栖息地和湿地水资源共管的途径。

五是基本摸清全区湿地的分布情况。1995—2001年，根据国家林业局的统一部署，林业厅组织开展首次全区湿地调查工作，通过此次调查，基本摸清自治区湿地资源的现状，为今后的湿地保护管理工作的开展提供科学的依据。

六是开展多种形式的湿地宣传。以《世界湿地日》为主题，党中央电视台、内蒙古电视台、内蒙古日报等宣传单位积极参与，开展各种主题和形式的湿地保护宣传，使社会熟悉和认识湿地。党中央电视台《人与自然》栏目组拍摄和播放《鄂尔多斯高原上的遗鸥》，为内蒙古鄂尔多斯遗鸥国家级自然保护区的建立和国际重要湿地的建立起到很好的宣传和推动作用。