自治区共有湿地面积424.5万公顷，在全国列第三位。全国湿地生物多样性资源丰富，据有关资料介绍，世界上马来西亚地区植物种密度最大，为0.013种/平方公里，中国仅为0.0028种/平方公里，而中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站湿地植物种密度达0.0068种/平方公里。是中国植物种密度的2.4倍，是中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站植物种密度的3.8倍；野生动物资源特别是水禽类，尤以湿地为佳，湿地内的生物多样性资源极具优势。为了有效地保护自治区内的湿地，内蒙古先后建立了6个湿地类型的国家级自然保护区（达赉湖自然保护区、达里诺尔珍禽自然保护区、科尔沁自然保护区、图木吉自然保护区、鄂尔多斯遗鸥自然保护区、辉河湿地自然保护区）及5个自治区级的湿地自然保护区（乌梁素海湿地水禽自然保护区、二卡湿地自然保护区、荷叶花湿地自然保护区、乌拉盖湿地自然保护区、黄旗海自然保护区）。达赉湖自然保护区和鄂尔多斯遗鸥自然保护区在2002年1月被确定为国际重要湿地。

1998—1999年，全区现有湿地总面积为442.6万公顷，占全区国土面积的3.7%。其中河流湿地64.6万公顷、湖泊湿地52.8万公顷、沼泽湿地325.2万公顷。这些湿地分布在全区的12个盟市，但以东部区的几个盟市为多，尤其是呼伦贝尔市（原呼伦贝尔盟），湿地面积达208.6万公顷，占全区湿地面积的47.1%。全区已建立湿地类型自然保护区22处，面积为181万公顷，占全区湿地面积的40%。