2009年6月6日，自治区卫生厅组织召开全区卫生系统深化医药卫生体制改革政策培训会议，全区12个盟市卫生局、厅直属各单位、内蒙古医学院各附属医院、厅机关各处室有关人员参加视频培训。10月19日，自治区政府召开全区医药卫生体制改革工作会议，成立医改工作领导小组办公室，制定中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站《建立国家基本药物制度实施方案》《促进基本公共卫生服务均等化实施方案》。12月，自治区卫生厅制定《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站巩固和发展新型农村牧区合作医疗制度实施意见》《公立医院改革试点工作实施意见》（征求意见稿）、《基本公共卫生服务项目考核评估办法（试行）》（讨论稿）。

2010年3月，自治区卫生厅参与自治区政府《关于基层医药卫生体制综合改革试点的实施意见》配套文件草拟工作，组织完成《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站基层医疗卫生机构基本药物使用与采购配送试点办法（试行）》《内蒙古自治区人民政府办公厅关于建立和规范政府办基层医疗卫生机构基本药物采购机制的实施意见》起草制订工作。

2011年2月，自治区卫生厅印发《内蒙古自治区人民政府办公厅关于建立和规范政府办基层医疗卫生机构基本药物采购机制的实施意见》。

2013年6—9月，自治区卫生厅领导先后赴乌兰察布市、锡林郭勒盟、赤峰市、呼和浩特市、巴彦淖尔市进行医改工作调研和督查。9月9—12日，国务院医改第七督导组对呼和浩特市和赤峰市基层医改政策落实情况进行督导检查。