建立在内蒙古地区最早的药政管理机构，是元世祖中统四年（1263年）和至元二十九年（1292年）元朝在上都（今锡林郭勒盟正蓝旗境内）设置的惠民司（局）。其任务同设立在元大都（现今北京）的惠民局一样，亦为管理“掌收钱粮，经营出息，市药修剂，以惠孤贫”患者的疾病诊治医药行政管理机构。元世祖至元十年（1273年）和至元二十九年（1292年），元朝还分别在元上都建立了司药局、御药监和回回药物院。其中上都回回药物院主要负责回回（阿拉伯）医药药品、制剂的加工与供应。

中华人民共和国成立后，大部分时间里医药行政机构都合在一起由设置在各省市卫生厅（局）中的药政负责具体实施管理，而对药品生产、经营企业的行业管理则归各级医药公司负责。

1947年，内蒙古自治政府卫生局设立了专门负责全区药品器材管理工作药政科。1948年12月，自治政府卫生局同内蒙古军区卫生部合并，合并后的卫生部设立有材料科和药库，统一负责管理军队和地方医疗卫生机构药品器材的调拨、分配和供应。

1950年11月，自治区政府卫生部恢复独立建制后，下设的药政科也同时恢复，该科的主要职责是管理毒麻药品，协调药品器材供需计划，监督药品质量，并对医疗卫生机构的药品器材进行管理。

1954年蒙绥合并后，随着国家经济建设和自治区医疗卫生事业的迅速发展，以及药品供需量迅速增长，全区制药企业和医院制剂的产品产量也不断增多。为在新形势下进一步加强药品管理和监督检验工作，自治区卫生厅于1956年将药政科升格为药政管理处，并着手筹建卫生厅直属的自治区药品检验所。

1958年，自治区卫生厅药政处与自治区医药公司合并，成立了中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站卫生厅药政管理局，作为领导全区医药公司系统全部业务活动的管理机构，该局的职能主要是负责药政管理法规的贯彻实施。

1963年，国务院批准卫生部、商业部《关于中西药品、医疗器械管理体制的报告》，决定将全国中西药品和医疗器械经营企业，全部划归商业部门统一经营，由卫生部、商业部共同领导。根据这一精神，自治区卫生厅也将所属的医药供应企业和制药厂，分别移交给自治区商业厅和轻化厅领导。作为贯彻执行国家药政法令的职能机构——自治区卫生厅药政管理局的建制仍保留在卫生厅内，定编15人。

1964年,全区所有盟市卫生处（局）建立了药政管理机构。在“文化大革命”中，药政管理和药品检验工作亦被戴上“管、卡、压”的帽子而横遭批判。

1972年，“安乃近注射液”出现严重质量事故发生后，国务院要求各地恢复与健全药政和药检机构，以确保人民群众的用药安全有效。据此，自治区卫生局于 1973年初重新恢复成立了药政管理处，各盟市卫生处（局）也相应恢复药政科或设专职药政管理人员。全区各级卫生行政部门在恢复建立药品检验机构的同时，重点加强对制药厂、产品审批、药品生产供应、药品质量监督检查和使用各环节的治理整顿。

“文化大革命”结束后，特别是中共十一届三中全会召开以后，根据国务院和卫生部重新发布的有关药品管理法规，以及整顿制药厂和医院制剂室的有关通知精神，全区进行了大规模的药品执法检查整顿工作。在每年九月份开展的质量月活动中，全区医药系统都要进行一次较大规模的清仓查库活动，届时处理大量的伪劣变质药品。

1984年9月，《中华人民共和国药品管理法》以国家主席令的形式正式颁布施行。《中华人民共和国药品管理法》颁布不到一年，全区12个盟市就有9个设立了药政科，全区专职和兼职药政人员分别达到60人和70人。1999年末（即药政管理工作由自治区卫生厅交归自治区食品药品监督管理局管理前），自治区和全区12 个盟市的卫生行政部门全都设立了药政管理机构，大多数盟市设立了药品监督办公室，配备人数不等的专、兼职药品监督员。这一年全区共有药政、药检和药品监督人员950名，基本形成了覆盖全区的三级药品监督网。呼和浩特市、呼伦贝尔盟、赤峰市和哲里木盟等盟市在乡镇苏木也聘任了药品检查员，实际上覆盖的是四级药品监督网络。

1985年1月，自治区卫生厅召开了全区药政工作会议，研究部署《药品管理法》的宣传、贯彻、执行和落实。会议期间还举办了“贯彻药品管理法展览会”。会后，围绕宣传贯彻执行《药品法》主要做了五方面的工作：①对全区药品生产、经营企业及医疗单位的制剂室普遍进行了一次检查验收；②改革药品审批办法和收费制度；③对“三无”药品进行比较彻底的检查处理，重新换发区内生产药品的批准文号；④以清理晋江假药为突破口，认真查处大批假药劣药；⑤严肃处理一批违反精神药品管理规定的重大案件。

1985年12月，自治区政府向全区各盟市、旗县政府发出《关于进一步宣传贯彻〈药品管理法〉的通知》，要求在认真宣传药品管理法，加强药品执法队伍建设的同时，深入清查假劣药品和麻醉、精神药品，严禁私种罂粟，吸食毒品。

《中华人民共和国药品管理法》实施后，全区各级卫生行政部门所属的药政管理机构依法制定相应的药品管理政策，颁布地方药品标准；审批药品，核发批准文号；初审新药；对药品生产、经营、使用进行监督；组织对已经生产药品的药效、副作用进行调查和再评价；监督管理特殊药品；审查药品广告；依法行政，全区药品生产和流通秩序进入了一个较为稳定的发展时期。全区一些药政管理机构先后受到卫生部的表彰。如，1988年哲里木盟卫生处药政科被国家卫生部评为执行《药品管理法》三年先进集体，1990年伊克昭盟卫生处药政科被国家卫生部评为贯彻实施《药品管理法》先进集体，1995年赤峰市卫生局药政科、包头市药品监督办公室被国家卫生部评为贯彻实施《药品管理法》先进集体，1995年中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站卫生厅药政处被评为全国打击假冒伪劣商品先进集体。

2001年，根据内蒙古自治区人民政府《关于印发药品监督管理体制改革实施方案的通知》（内政发〔2001〕89号）文件的精神，药品监督管理职能由自治区卫生厅移交到中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站食品药品监督管理局。