远在新石器时代，内蒙古地区已有适宜当地种植的黍、稷旱地品种。夏周时期，汉民学会选择“嘉种”和区别早、晚熟品种。汉代大规模移民垦殖，作物品种从中原引入内蒙古地区种植。既有秦汉已在中原广为种植的黍、稷、粟、麦等，也有公元前从西域引进的豆、葱等。公元前206年至公元24年，内蒙古地区居延郡（今额济纳旗）、朔方郡（今河套地区）已种植粟、小麦、大麦、黍、稷、豌豆、油菜、菊芋、长山药（薯）和高粱。清朝中叶，玉米和马铃薯传入内蒙古地区。

民国时期，开始有计划地品种引进。1930—1934年，绥远省建设厅委托华洋义赈会从美国引进兰麦（硬粒种）、鱼麦、甜菜、银白高粱、大根高粱、大豆、亚麻和棉花等品种。晋唐时期，内蒙古河套引渠灌溉种植水稻。1919年，通辽地区朝鲜族农民首先开发水田种稻。20世纪30年代末，在牙克石、扎兰屯等地设立35处原种圃。1940年，绥西农业改进所在临河世成西从四川省引进一批小麦，包括普通小麦、密穗小麦、硬粒小麦、圆锥小麦、波兰小麦。其中佛手小麦（圆锥）有一定种植面积。1941年，伪满洲国兴农部成立农作物奖励品种委员会，并决定在内蒙古东部一些地区推广优良品种。

中华人民共和国成立后，20世纪50年代初至80年代共引进春小麦、莜麦、玉米、水稻、油菜、两用亚麻、豆类、马铃薯、甘薯、甘蓝、大白菜、花椰菜、根菜、番茄、茄子、青椒、黄瓜、南瓜、菜豆、洋葱等290个品种。20世纪80年代，除谷子、糜、黍、食葵和晚熟球茎甘蓝等少数作物外，大面积种植的优良品种绝大部分是引进种。1954年引进的抗锈、抗倒伏的水浇地小麦良种甘肃96号，1958年全区种植面积达240万亩。20世纪70年代和80年代中期引进的小麦品种欧柔、墨麦和永良4号种植面积超过150万亩。其中永良4号在巴彦淖尔盟（今巴彦淖尔市）种植3～4年，面积达全部小麦面积的90%以上。1958—1973年，巴彦淖尔盟农研所从欧柔小麦中分离出白欧柔（内麦4号、河套3号），1974年种植面积曾达40万亩。巴彦淖尔盟杭锦后旗良种场从欧柔中分离出的杭良一号，推广面积曾达3万亩。

1924年，绥远省农事试验场开始农家品种资源研究和利用。当时以绥西农家小麦、糜子品种为主。20世纪40年代中、后期，绥远省立归绥农科职业学校也曾作了大量搜集研究。1950年，绥远省立归绥农业试验场成立。1954年，内蒙古五里营农事试验场开始全面搜集、整理、利用和保存农家品种。1956—1957年，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站三次部署全区农家品种资源征集工作。1959年6月，自治区农业厅编写《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站农家品种目录汇编》，编入品种1069个。至1962年，全区各地共搜集保存粮油和工业用原料17种作物10194份材料。1961年，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站农研所成立品种资源研究室。1966年，完成区内小麦、莜麦品种资源的观察和初步合并整理。1967年，完成谷子和食用豆品种资源的初步整理和归并。20世纪70年代末至80年代初，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站和盟、市农研所参加中国谷子、高粱、燕麦、大豆和亚麻品种资源目录和志的编写工作。1982年，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站农研所调查区内野生大豆品种资源并提出保护意见。

1947年至20世纪60年代，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站各级农业科研机构大规模开展作物新品种选育，都是以整理、利用、系统选育现有品种和引进品种为主。1956—1958年，内蒙古和昭乌达盟（今赤峰市）、乌兰察布盟（今乌兰察布市）农研所首先分别开始小麦、玉米、谷子和马铃薯的品种间杂交育种。20世纪60年代初，巴彦淖尔盟农管局西山嘴农业试验站和巴彦淖尔盟农研所开始小麦品种间杂交育种。同期，内蒙古农研所开始钴⁶⁰小麦和玉米辐射育种。20世纪60年代中至70年代初，各级农业科研单位和农业院校普遍进入小麦、糜子、马铃薯以杂交育种为主；玉米、高粱、向日葵和甜菜以杂交优势利用为主，兼顾引种筛选和系统选育的育种途径。20世纪80年代，开始莜麦、黍子、胡麻等杂交育种（包括杂交优势利用）。20世纪70年代初，各地结合育种开始进行作物遗传及其变异的研究。1976年，伊克昭盟（今鄂尔多斯市）农研所首先开展春小麦花药诱导植株研究。20世纪70年代末，自治区农业厅组织内蒙古种子公司和内蒙古农研所编制内蒙古农作物品种区划。1988年，内蒙古种子管理站完成12个品种分区的初步区划。