1947年5月，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站成立了由自治区主要领导任主任委员的“防疫委员会”。这个“防疫委员会”实际上就是内蒙古爱国卫生运动委员会的前身。

党中央政务院于1952年3月14日通过决议，成立党中央爱国卫生运动委员会。1953年，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站原来的各级防疫委员会均改组为各级爱国卫生运动委员会。蒙绥合并以前，内蒙古爱国卫生运动委员会的主任委员是王铎，绥远省爱国卫生运动委员会的主任委员是奎壁。各级爱卫会除党政领导人参加外，还吸收各有关部门负责人参加。

1954年，蒙绥合并后的中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站爱国卫生运动委员会（简称“爱卫会”）由原设在东部地区的内蒙古爱国卫生运动委员会和绥远省爱国卫生运动委员会合并而成。主任委员由自治区政府主席乌兰夫担任，副主任委员有王铎、奎壁、孙兰峰等，爱卫会办公室主任由自治区卫生部副部长胡尔钦·毕力格兼任。自治区爱国卫生运动委员会办公室还配备有专职副主任和工作人员。全区各盟市（专区）、旗县也都相应地建立了爱国卫生运动委员会组织，健全了办事机构。爱国卫生运动委员会的工作重点主要放在经常性、社会性、群众性的防病除害和卫生活动方面，为保护群众健康、支援生产建设服务。

20世纪60年代，全区各级爱国卫生运动委员会及其办事机构变动较大。1962年，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站爱国卫生运动委员会及其办事机构随着机构精简被撤销。原爱卫会负责的日常工作归并到了卫生厅，由卫生防疫处指定专人负责办理。各盟市旗县的爱国卫生运动委员会及其办事机构也大体相同地并入了各级卫生部门。

1971年8月10日，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站革命委员会卫生局，向中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站革命委员会呈递了《关于建立内蒙古革命委员会爱国卫生运动委员会的请示报告》，自治区爱国卫生运动委员会的名称得以恢复。主任委员、副主任委员分别由王秩然、朱明辉担任，日常工作和办事机构仍由自治区卫生局兼管。

1978年4月，党中央，国务院决定重新建立党中央爱国卫生运动委员会，李先念副总理担任主任委员。中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站爱国卫生运动委员会在将停顿多年的爱国卫生运动重新发动起来的同时，逐步健全并形成实体机构。委员会设立了专职副主任委员，负责常务工作。办公室设专职主任、副主任，有了独立的编制。

1978～1982年，孔飞、杰尔格勒、郝秀山分别担任过中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站爱国卫生运动委员会的主任委员。担任过副主任委员的有：沈新发、周北峰、蔡英、云曙碧、郭奇云、李子敬、忽奇图、哈斯、高茂等。

1983年，内蒙古党委重新调整了自治区爱国卫生运动委员会组成人员，赵志宏任主任委员，杨绪才、云曙碧、葛洪儒、斯勤、李康、任斌等任副主任委员。

1986年和1988年，自治区爱国卫生运动委员会领导成员分别进行了调整。调整后的主任委员均为自治区政府副主席赵志宏。在1988年进行的爱国卫生运动委员会领导成员调整中，副主任委员由1986年时的5人，增加为24人。

1996年12月，自治区爱国卫生运动委员会成员进行了调整，自治区人民政府副主席宝音德力格尔任主任委员，巴雅尔图、周廷芳、魏力军等任副主任委员。

1997年，自治区爱国卫生运动委员会成员再次进行了调整，主任委员仍由宝音德力格尔副主席担任，巴雅尔图、周廷芳、哈斯巴根等任副主任委员。

2001年，自治区爱国卫生运动委员会成员又一次进行了调整，主任委员仍由宝音德力格尔担任，道布敦、周廷芳、云秀梅等任副主任委员。

2003年5月，自治区爱国卫生运动委员会成员再次调整，自治区人民政府副主席连辑任主任委员，道布敦、周廷芳、张晓兵、杨成旺、曹殿云任副主任委员。

2004年5月，自治区爱国卫生运动委员会成员进行了调整，自治区人民政府副主席乌兰任主任委员，道布敦、周廷芳、张晓兵、刘树涛、杨成旺、白宝玉任副主任委员。

2005年，自治区爱国卫生运动委员会又一次进行了调整，主任委员仍由乌兰副主席担任，桑杰扎布、杨玺、张晓兵、刘树涛、杨成旺、许宏智任副主任委员。