清真寺是穆斯林履行宗教功课、进行宣教、传播伊斯兰文化知识和举办经堂教育的场所，被穆斯林视为“安拉的房子”。清真寺在穆斯林的宗教生活中，乃至社会生活的各个方面，地位至关重要，与穆斯林的关系极为密切。回族穆斯林对它一直保持两种称呼，一是沿袭伊斯兰教阿拉伯语的原称，直呼其为“麦斯至德”，意为叩头、礼拜之地；或以阿拉伯语“哲玛尔提”称之，意为集合、聚众，包含有群体之意，即穆斯林所设置的公共宗教活动场所。在中国历史上，对于伊斯兰教的礼拜寺曾有多种称呼，如最早见于唐代典籍中的“礼堂”。宋代人将这种礼拜寺称为“祀堂”或“礼拜堂”。到了元、明两代，对礼拜寺的称谓趋向多样化，如广州怀圣寺又称光塔寺、狮子寺；扬州瑞符寺，又称西来寺、仙鹤寺、礼拜寺；西安有清教寺、清修寺和真教寺等等，而最早以“清真”二字命名伊斯兰教寺院的，则是出自明嘉靖五年（1700）李时荣所撰西安《敕赐清修寺重修碑记》。15世纪中叶，“清真”一词开始被伊斯兰教所采用。此后，“清真寺”与“礼拜寺”并用。清代以后，“清真寺”已成为中国各地普遍使用的伊斯兰教寺院的专有名称。一些地区的穆斯林仍有在口头上使用“礼拜寺”称谓的习惯。在中国，清真寺的社会职能是多方面的。其主要职能是穆斯林群众虔诚拜主、履行宗教功修的地方，每日晨、晌、晡、昏、宵五时拜，每周五主麻聚礼、每年开斋节、宰牲节会礼，斋月晚间的特拉威哈拜和个人的副功拜，都要在清真寺履行。清真寺又是对穆斯林进行宗教教育，宣传教义、教律，讲解《古兰经》和“圣训”，培养宗教职业者进行经堂教育的场所。其次，清真寺还具有为穆斯林进行宗教生活服务的职能。如婚丧嫁娶中的写“尼卡合”仪式，丧葬时的站“者那则”殡仪，亦多在寺内举行。平时，穆斯林群众过宗教节日、悼念先辈亡人或举意过平安“乜帖”等活动，也大多在清真寺内举办。此外，清真寺还是穆斯林联络感情、互通信息、文化交流、习武健身和排解纠纷的场所。

中国清真寺的组织管理形式随着社会的发展也在不断发展变化。史载在唐宋时期，政府在穆斯林居住的“蕃坊”内设立“蕃长司”，选德高望重的人任“蕃长”依俗而治，属于专职的教职人员。元代，元朝政府专门设有“回回哈的司”管理回回事务，而且各地的回回聚居也设有类似的管理机构。在清真寺内部也逐步发展形成了相应的组织管理形式。当时已有了“筛海”（教长）和“穆塔完里”（管寺者）的专称。明代，回回已形成民族共同体，以清真寺为中心的教坊制也逐渐完善。各清真寺已有了专职的掌教（伊玛目、阿訇），负责领拜、讲经（卧尔兹）、教授海力凡（经堂教育学员）等教务工作。有了专管日常事务的乡老（有的称社首、学董）。各教坊自成一体，互不隶属。教职人员（主要是教长）由信教群众推荐选聘，一般任期3年，也可继续延聘。管寺乡老由本坊经常礼拜的穆斯林民主选举，由当选的3人～5人组成民主管理委员会，负责管理清真寺的日常事务，包括寺产、经济收支、重要节日、大型宗教活动庆典等等。寺管会成员一般任期3年，属于无偿尽义务，没有报酬或工资。内蒙古各地的清真寺，其组织管理形式基本上沿袭这一模式。

2004年，中华人民共和国国务院颁布了《宗教事务条例》。2006年，国家宗教事务局颁发《宗教教职人员备案办法》《宗教活动场所主要教职任职备案办法》。2010年，又颁布《宗教活动场所财务监督管理办法（试行）》。根据国家制定的上述法律、法规，中国伊斯兰教于2006年第八次全国代表会议通过并公布伊斯兰教《清真寺民主管理办法》《伊斯兰教教职人员资格认定办法》《伊斯兰教活动场所主要教职人员聘任办法》等具体实施办法。从此，内蒙古乃至全国伊斯兰教宗教活动场所的管理组织、管理制度、教职人员的资格认定和聘任办法以及财务监督管理等，走上法制化、规范化、制度化的发展轨道。从法律上保障清真寺的正常宗教活动，保护清真寺的合法权益，规范清真寺的组织管理，维护宗教和睦与社会和谐。