种子管理站是农业行政部门组织良种繁育推广，管理种子的事业单位。民国18年（1929）绥远省农林试验场农务股曾承担搜集农作物品种进行试验和推广工作。民国30年（1941）伪满洲国曾成立农作物奖励品种决定委员会，在内蒙古东部推广了一批良种。1947年内蒙古自治政府成立后，对农业种子十分重视，号召群众“选种护种，改良籽种”，收集良种组织繁殖，建立农事试验场，确定县级试验场以繁殖良种为基础任务，有重点有计划的进行优良品种推广工作。种子工作的具体业务，由各级政府主管农业生产的行政部门统一管理。

中华人民共和国成立以后，1950年绥远省农林厅成立种子科，承担良种调查、检定和收购工作。当年组织区、村选种小组，开展群众性的良种评选工作。同年秋内蒙古自治区人民政府农牧部也发出通知，要求以嘎查（村）为单位组建选种委员会，领导良种评选工作，指导群众田间选种。1951年6月1日绥远省农林厅将种子科与推广科合并为技术改进科，管理病虫害防治、选种、推广良种、农药、农具等业务。

1956年4月，国务院发出“关于春耕生产的指示”，要求各省、地、县农业部门根据当地情况限期建立和健全种子机构，加强种子管理和良种推广工作。自治区农牧厅于当年6月在自治区农业技术推广所内设立种子科，管理全区种子和良种示范繁殖农场的业务。根据国务院和国家粮、农两部关于建立种子机构的精神，报请自治区计划委员会同意，1956年计划全区建立50个种子站，编制178人，其中盟市站10个，编制68人，归农牧处（局）领导；旗县站40个，编制120人，归旗县人民委员会农业部门领导。种子站人员由各级政府解决，建站经费由国家农业部和自治区随建站编制下达，并明确种子站是农业事业机构，其任务为：（l）拟定粮油作物良种繁育、推广、购贮、调配和供应计划，推动良种普及工作。（2）布置督促和检查良种繁育工作，指导良种示范场、农业社种子地的良繁技术。（3）组织指导检查优良品种的评选、区域审定；鉴定本盟、市、行政区、旗、县范围内的良种；组织试验试种、示范等。（4）推动并办理种子品质检验工作。（5）指导群众选留种、种子储藏、保管技术，积极培养、提高下一级种子工作人员和农业社种子技术员的业务水平。（6）拟定一般种子、备荒种子、补种、垦荒种子及饲料地种子的储备、调剂、供应计划。（7）承办种子繁殖农场的有关事宜。经过一年建设，到1957年末完成了全区建站计划。这批新建的种子机构，实行行政、技术二位一体，是各级农业行政部门主管种子工作的农业事业单位，其职能主要是负责各级种子工作的行政管理和技术指导。种子经营仍由粮食部门管理。

1958年2月11日，国务院（五办、七办）批转粮食部、农业部“关于成立种子机构意见的报告”，要求各地及时建立种子经营机构，统一经营粮食、油料、经济作物、牧草、绿肥等种予以及办理从国外引进良种的经营工作。据此，自治区农业厅于当年3月将原自治区农业技术推广所的种子科改建为行政、技术、经营三位一体的种子管理处，编制20人。同年8月，农业、粮食两厅报经自治区人民委员会同意，在原有各级农业种子站内增设良种经营机构，并在各盟市、增建种子站17处（牧区不建），增编248人，连同原有种子站全区种子机构达67处，人员编制426人，（内有农业技术人员248人、经营人员178人），其中盟级站8处，每站编制6人～8人，旗县级站59处，每站编制5人～7人。自治区农业厅为了进一步加强对全区种子工作的管理，于1959年冬，将原种子处扩建为种子管理局，编制25人；并要求人民公社建立种子工作委员会，领导全社精选良种和良种的繁殖推广工作。到1960年全区已建立自治区、盟、旗（县）三级行政、技术、良种经营三位一体的种子管理机构67处，编制达393人，其中自治区级1处，编制25人，盟级8处，编制64人；旗县级58处，编制204人。1961年，由于紧缩机构，精简人员，全区约有半数的种子机构被撤消，人员精减近1/2，部分仓库、器材、资金被占用，使全区种子系统当年粮、油良种购销仅完成计划任务的41%。1962年7月，自治区人民委员会在转发国务院“关于做好选种留种工作指示”时，通知各地要迅速恢复和健全盟（市）、旗（县）种子机构，原属种子站的工作人员应归队，原属种子站的财产应收回，并重申种子站是行政、技术、经营三者统一管理种子工作的单位，对外挂良种公司牌子。1963年9月，自治区党委、人委在贯彻中共中央、国务院1962年发出的“关于加强种子工作的决定”时，再次要求各地迅速健全种子管理机构，加强对种子工作的领导，强调“对种子站的工作只许加强，不能削弱”。

1968年9月，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站革命委员会决定机构改组，原自治区各部、委、厅、局一律停止行使职权，其下属单位由革委会各部、室直接领导。当年10月成立自治区农林种子站，取代了原来的农业厅种子管理局。1970年2月，自治区革委会生建部发出通知，要求各地健全种子管理机构，加强对种子工作的领导。1971年6月，自治区农林种子站又改建为自治区农林技术种子推广站。1973年，农林局机构调整。当年11月，自治区农林技术种子站改为自治区农业种子推广站。随着良种繁育体系的发展，1976年6月，自治区革委会农林局向各盟、市、旗县农林局发出“建立健全六级三有良种繁育推广体系的意见”，提出必须建立、充实、加强自治区、盟市、旗县三级种子管理站（库）外，同时要求人民公社也要建立良种繁殖场、种子站、种子库三合一的种子管理机构，从而把种子管理机构延伸到人民公社。1976年，为了健全全区农作物品种审定工作，报请自治区革委会批准，于8月1日成立了自治区农作物品种审定委员会，负责对全区农作物品种的审定工作。委员会由农业生产、科研、教学、种子等单位的有关人员组成，隶属自治区农林局，具体事务由自治区种子站兼办。各盟市也相应成立了农作物品种审定小组。

1977年和1978年，中共中央、国务院先后发出文件，要求各地成立种子公司，尽快实现种子生产专业化、加工机械化、质量标准化、品种布局区域化和以县为单位组织统一供种。自治区农林局根据党中央精神，于1978年报经自治区党委批准，把自治区种子站改为行政、技术、经营三位一体的事业性质的种子公司，编制40人。各盟、市、旗、县根据当地情况，也先后成立了种子公司。各级公司都是行政、技术、经营三位一体的事业单位，隶属于同级农业行政部门。1984年7月，自治区农牧渔业厅党组根据改革精神，决定将自治区种子公司由事业单位改为企业经营，兼管事业，实行承包合同制，逐步把公司办成企业性质的经济实体。据此，自治区种子公司对内部职能科室重新作了调整，把原来以管理型为主的科室改变为企业经营、生产开发、管理监督型的职能科室。为加强对全区种子的管理工作，1987年6月，自治区农业委员会报经自治区编制委员会批准，自治区种子公司增挂“中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站种子管理站”的牌子，一套人马两块牌子，原内设机构不变，人员暂控为87人，其中专业技术人员64人，行政管理人员23人。1990年，全国清理整顿公司，自治区种子管理站不再挂“中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站种子公司”牌子。原机构职能和内设机构不变，核定编制83人，其中专业技术人员62人，行政工勤人员21人。到1990年底，全区种子机构有91个站（公司），职工2967人，其中自治区级站1个，职工81人；盟市级站（公司）11个，职工456人；旗县级站（公司）79个，职工2430人。职工总人数中专业技术人员1054人，占职工总人数的35.9%。