1946年3月27日至4月1日，察哈尔盟在明安旗道英海日罕（今正蓝旗宝绍代苏木）召开各界人民代表大会议，选出察哈尔盟民主政府和内蒙古自治运动联合会察哈尔盟分会（主任），驻道英海日罕。同期，内蒙古自治运动联合会正蓝旗、明安旗、太仆寺右旗支会相继成立。同年12月，正蓝旗在那日图召开人民代表大会议（因战争转移到浩力图庙），选举产生旗民主政府（旗长）。1947年5月，正蓝旗（那日图）、明安旗（宝绍代）、太仆寺右旗（黄旗大营子）3旗随察哈尔盟划归内蒙古自治政府领导。1948年11月，将明安旗与太仆寺右旗合并，改建为明安太右联合旗（驻宝沙代）。

1956年9月11日，撤销明安太右联合旗，将其区域（除布拉根陶亥苏木外）并入正蓝旗的行政区域，旗人民委员会由那日图迁驻黄旗大营子，隶属察哈尔盟。并将正蓝旗扎格斯台淖尔苏木的西部地区划归正镶白旗。1958年9月26日，经国务院批准（10月3日，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站人民委员会通知），察哈尔盟撤销后，将正蓝旗划归锡林郭勒盟管辖。

1966年，正蓝旗人民委员会迁驻上都河浩特（1969年曾为上都河浩特镇）。1979年，正蓝旗革命委员会迁驻敦达浩特镇。1981年6月，全旗行政区域划分为16个人民公社，辖103个生产大队、5个居民委员会。1983—1984年，旗人大常委会和人民政府在全旗进行改革农村牧区“政社合一”体制，以原城镇、农村牧区人民公社的行政区域为基础，调整建立各镇、苏木、乡人民代表大会、人民政府。同时，建立嘎查委员会、村民委员会和居民委员会群众自治组织。并规范地名。

1997年，全旗辖17个苏木（乡、镇）、104个嘎查（村）。

2001年，辖8个苏木、3个镇、3个国营林牧场、82个嘎查、20个村。

2006年，辖3个苏木、3个镇、1个国营牧场、1个示范区、103个嘎查（村）。

截至2019年，正蓝旗辖4个苏木、3个镇、1个种畜场、1个示范区。