1946年春，镶黄旗、商都旗分别建立内蒙古自治运动联合会支会。1947年5月，镶黄旗、商都旗随察哈尔盟划归内蒙古自治政府领导。同年7—8月，在解放战争中，镶黄旗、商都旗分别重建两旗民主政府。1948年11月，将察哈尔盟商都旗、镶黄旗合并，设置商都镶黄联合旗（驻拉拜庙）。

1950年，旗人民政府驻哈印海尔巴庙。1951年，商都镶黄联合旗人民政府迁驻新宝拉格。1956年9月，商都镶黄联合旗更名商都镶黄旗。并将正镶白旗的翁公苏木西部、武恩巴图苏木西部地区划归商都镶黄旗。1957年时，全旗行政区域划分为那仁乌拉、巴彦塔拉、文贡淖尔、哈音海尔瓦、宝格都乌拉、新宝拉格、洪格尔乌拉7个苏木。1958年9月26日，经国务院批准，在撤销察哈尔盟时，将商都镶黄旗划归锡林郭勒盟管辖。同年，全旗区域划分为巴彦塔拉、新宝拉格、文贡乌拉3个人民公社。

1960年9月13日，经国务院批准，商都镶黄旗更名为镶黄旗。同时，撤销化德县，将其区域并入镶黄旗行政区域，旗人民委员会驻地迁至化德镇。1963年4月13日，经国务院批准，恢复化德县建制，原化德县的行政区域不变。镶黄旗人民委员会驻地迁回新宝拉格。1961—1981年，全旗辖区调整为10个人民公社。

1983年，旗人大常委会和人民政府在全旗改革牧区“政社合一”体制，以原人民公社辖区为基础，分别建立苏木、镇人民代表大会和人民政府，并就全旗的地名进行规范化。1984年，将城关镇更名新宝拉格镇。

2000年，镶黄旗辖9个苏木、1个镇、60个嘎查、6个居民区。

2001年，镶黄旗撤并部分苏木，调整为3个苏木、1个镇、60个嘎查、6个居民委员会。

2011年，辖1个苏木、2个镇、60个嘎查、6个社区。

2017年，辖2个苏木、2个镇、60个嘎查、6个社区。

截至2019年，镶黄旗辖翁贡乌拉、宝格达音高勒2个苏木和新宝拉格、巴音塔拉2个镇、60个嘎查、6个社区居委会。