1946年春，内蒙古自治运动联合会太仆寺左旗支会成立。1947年5月，太仆寺左旗随察哈尔盟划归内蒙古自治政府领导，旗政府驻炮台营子（今贡宝拉格苏木）。

1950年8月，将察哈尔省的宝源县划分为宝昌县、沽源县，并将宝昌县划归中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站察哈尔盟管辖，宝昌县人民政府驻宝昌镇。同年，察哈尔盟人民政府由明安旗女子部迁驻宝昌县城关（今宝昌镇）。1951年4月24日，经自治区人民政府批准，将宝昌县五区所辖波罗素庙、戴家营、三盖淖、脑包洼、阎油房等5个行政村14个自然村划归察哈尔省察北专署。

1956年9月11日，经国务院批准，撤销宝昌县建制，其区域（除星耀区划入正镶白旗、哈毕日嘎区划入正蓝旗外）大部划归太仆寺左旗；同时将太仆寺左旗更名太仆寺旗，旗人民委员会由炮台营子迁驻宝昌镇，仍隶属察哈尔盟。1958年9月26日，经国务院批准撤销察哈尔盟后，将太仆寺旗划归锡林郭勒盟管辖。

1962年后，对旗辖区域内的人民公社规模进行调整，到1981年6月，全旗辖宝昌镇、中和、贡宝拉嘎、头支箭、永丰、小营子、东井子、幸福、红山子、红旗、兴盛、城郊、骆驼山、千斤沟、沙沟、万寿滩、马坊子、五面井等18个城镇、农村、牧区人民公社，166个生产大队，8个居民委员会。1983年，全旗改革基层政权”政社合一“的建制体制，在原城镇、农村牧区人民公社建制区域的基础上，分别建立镇、苏木、乡人民代表大会和人民政府。

1997年，太仆寺旗辖1个苏木、16个乡、1个镇、178个村（嘎查）、14个居民委员会。

2002年，辖1个苏木、7个乡、4个镇。

2005年，辖1个苏木，1个乡，4个镇，157个行政村（浩特），14个居民委员会。

2013年，辖1个苏木、1个乡、5个镇、174个行政村（其中19个嘎查）和8个居委会。

截至2019年，太仆寺旗辖7个苏木乡镇（贡宝拉格苏木、幸福乡、宝昌镇、永丰镇、千斤沟镇、红旗镇、骆驼山镇）、176个行政村和8个社区。