1946年，乌珠穆沁左旗在内蒙古自治运动联合会领导下成立旗支会，组织开展自治运动。1947年5月，乌珠穆沁左旗随锡林郭勒盟民主政府划归内蒙古自治政府管辖。1948年11月，将锡林郭勒盟乌珠穆沁左旗、乌珠穆沁右旗和浩济特左旗3旗区域合并，组建东部联合旗，旗民主政府驻哈拉嘎庙，后迁王盖庙。1956年6月14日，经国务院批准，7月3日撤销锡林郭勒盟东部联合旗，分设东乌珠穆沁旗和西乌珠穆沁旗。将原东部联合旗北部的五、六、七3个苏木等区域划归东乌珠穆沁旗，旗人民委员会驻喇嘛库伦庙（1966年1月26日更名乌里雅斯太）。同年，将西乌珠穆沁旗道特淖尔、宝拉格、敦达高毕、呼布钦高毕、萨麦、阿拉坦合力、额和宝拉格等区域划归东乌珠穆沁旗。1981年6月，东乌珠穆沁旗辖城关（乌里雅斯太）、阿拉坦合力、额吉诺尔、格布钦戈比、道布德嘎比、沙麦、宝力格、额仁嘎比、查干诺尔、道特诺尔、乌拉盖、白音呼布尔、呼热图诺尔、额和宝力格14个牧区人民公社，白音胡硕镇和乌拉盖苏木（辖6个牧场，驻白音胡硕镇）。1983年，东乌珠穆沁旗人大常委会和人民政府在全旗进行改革牧区“政社合一”体制，对全旗行政区域建制单位进行较大的调整，规范了地名称谓，建立了镇、苏木人民代表大会和人民政府，组建了嘎查、村、居民委员会群众自治组织。1984年，将乌里雅斯太改设为镇，形成现今的全旗行政建制。

1997年，全旗辖15个苏木、1个镇、62个嘎查、1个国营林场。

2001年，辖12个苏木、2个镇、57个嘎查、1个国营林场。

2004年，辖11个苏木、3个镇、57个嘎查、1个国营林场。

2005年，辖2个苏木、5个镇、57个嘎查、1个国营林场。

2012年，辖4个苏木、5个镇、1个国有林场。

截至2019年，东乌珠穆沁旗辖4个苏木、5个镇、61个牧业嘎查、1个国有林场。