民国初年，沿袭清制。民国3年（1914），苏尼特左翼旗随锡林郭勒盟划归察哈尔特别区。民国17年（1928），改隶察哈尔省。民国25年（1936），苏尼特右翼旗蒙古王公德穆楚克栋鲁普在化德成立伪蒙古军政府，苏尼特左翼旗被纳入其控制范围。民国26年（1937）“七七”事变后，察哈尔省沦陷，苏尼特左翼旗随锡林郭勒盟隶属伪蒙古联盟自治政府统辖。民国28年（1939），改隶伪蒙疆联合自治政府。民国34年（1945）8月，日本投降后，苏尼特左翼旗复归察哈尔省锡林郭勒盟。

1946年，苏尼特左翼旗改称苏尼特左旗。1947年，苏尼特左旗随锡林郭勒盟由察哈尔省划归内蒙古自治政府领导。1949年，成立苏尼特左旗民主政府，从桑吉德庙迁驻敖伦胡都嘎，全旗行政区域划分为5个苏木民主政府。1951年，旗人民政府驻贝勒庙。1954年，按照中华人民共和国第一部宪法规定，召开苏尼特左旗首届人民代表大会，选举产生苏尼特左旗人民政府。1955年，苏尼特左旗人民政府改称苏尼特左旗人民委员会。1966年，旗人民委员会驻地贝勒庙改称哈敦浩特。1975年，又更名为满都拉图。当年全旗辖1个镇、12个牧区人民公社。1983年，改革农村牧区“政社合一”体制，在原牧区和城镇人民公社的基础上，分别建立苏木、镇人民代表大会和人民政府，形成现今行政区域建制。

1999年，苏尼特左旗辖12个苏木、2个镇、1个灌区管委会、49个嘎查。 

2001年，进行撤乡并镇机构改革，苏尼特左旗辖9个苏木、2个镇、1个灌区管委会、49个嘎查。

2006年，进行撤乡并镇机构改革，苏尼特左旗辖2个苏木、3个镇、49个嘎查。

2009年，苏尼特左旗辖2个苏木、3个镇、49个嘎查、4个居委会。

2012年，恢复达来苏木和红格尔苏木，苏尼特左旗辖4个苏木、3个镇、49个嘎查、4个居委会。

截至2019年，苏尼特左旗辖4个苏木、3个镇、49个嘎查，4个居委会。