“苏尼特”一词从古代蒙古氏族名称演变而来，苏尼特草原以该部落在此定居而得名。今苏尼特左旗地区，秦朝属匈奴辖地，西汉属匈奴单于庭统治东南境，东汉属鲜卑辖区，三国、西晋为鲜卑统辖地。东晋十六国时，代（鲜卑拓跋氏）建国二十九年（366），今旗境属代统治地；前秦（氐族苻氏）建元十八年（382）时，今旗境属前秦统治区域；魏（拓跋氏）登国十年（395），今旗境属魏统治区；魏永兴元年（409），今旗境北部属柔然，南部属魏统治北境地。北魏太和二十一年（497）时，今旗境南部属怀荒镇镇戍区，北部地区属柔然统辖地；北齐属突厥统辖地。

隋朝，今旗境为突厥属地。唐总章二年（669），今旗境属定襄都督府辖区，隶属关内道单于都护府；唐开元二十九年（741），今旗境属突厥牙帐统治东南地；唐元和十五年（820），今旗境南部属振武节度使统辖区，北部属回纥牙帐统辖东南地。五代十国时，今旗境属契丹辽统治区。辽代，今旗南部属西京道倒塌岭节度使司辖区；北部属上京道辖区。金代，属西京路。元代，今旗境北部属岭北行省和宁路，南部为中书省上都路辖区。

明永乐十一年至宣德五年（1413—1430），今旗境属蒙古（时称鞑靼）统辖地；明万历十年（1582）时，属蒙古察哈尔部统辖地。清朝统一漠南蒙古诸部后，于清崇德三年（1638），苏尼特部从喀尔喀迁漠南。清崇德六年（1641），清朝将苏尼特部编为苏尼特旗，翌年改称苏尼特左翼旗，苏尼特左翼旗下设4个扎兰（5个苏木为一个扎兰），20个苏木（佐），苏木下设若干个阿日本（10户）。4个扎兰为东扎兰、西扎兰、南扎兰、北扎兰。设札萨克世袭掌理旗务，隶属锡林郭勒盟。