1946年春，中国共产党在锡林郭勒盟地区开辟工作。内蒙古自治运动联合会转移到贝子庙（今锡林浩特市），锡林郭勒盟分会和政府组织工作队在阿巴嘎左右旗、阿巴哈纳尔左右旗改造旧政权，建立民主政权，隶属锡林郭勒盟分会管辖。1947年，在贝子庙成立中国共产党锡（锡林郭勒）察（察哈尔）巴（巴彦塔拉）乌（乌兰察布）工作委员会。1948年，成立中部中心旗工作委员会，阿巴哈纳尔左旗、阿巴哈纳尔右旗、阿巴嘎左旗受中部中心旗工委管辖；阿巴嘎右旗受西部中心旗工委管辖。1949年春，阿巴嘎右旗、阿巴哈纳尔右旗合并为西部联合旗；阿巴嘎左旗、阿巴哈纳尔左旗、浩齐特右旗合并为中部联合旗。

1952年，西部与中部联合旗合并为西部联合旗，归锡林郭勒盟管辖。1956年，西部联合旗改称阿巴嘎旗。锡林浩特为苏木级建置，受锡林郭勒盟直接领导。1959年，将伊勒特公社划归锡林浩特管辖。

1963年10月，锡林浩特改设阿巴哈纳尔旗。同年12月，将阿巴嘎旗阿尔善宝拉格公社划归阿巴哈纳尔旗管辖。

1997年，阿巴嘎旗辖13个苏木、1个镇、71个嘎查。

2001年，辖11个苏木、1个镇、71个嘎查。

2006年，辖3个苏木、3个镇、71个嘎查。

2012年，辖4个苏木、3个镇、71个嘎查。

截至2019年，阿巴嘎旗辖4个苏木、3个镇、1个管委会、71个嘎查。