“阿巴嘎”为蒙古语，意为“叔叔”，因原部落首领布赫·别力古台是元太祖成吉思汗同父异母的弟弟而得其名。历史上，阿巴嘎是游牧民族和狩猎部落活动的地区。据史书记载，今阿巴嘎旗境西汉时东西分属匈奴和乌桓，东汉属鲜卑，三国、西晋时属鲜卑统辖地。东晋十六国时，代（鲜卑拓跋氏）建国二十九年（366），今旗境属代统治区；前秦（氐族苻氏）建元十八年（382），属前秦政权统辖区；魏（拓跋氏）登国十年（395），属魏统辖区。南北朝北魏时，今旗境新浩特镇南部属怀荒镇和御夷镇镇戍地区；新浩特镇以北地区属柔然辖区；东魏武定四年（546），今旗境属柔然政权统辖；北齐、北周，今旗境属突厥政权统辖。隋朝时，属突厥辖区。唐总章二年（669），今旗境属定襄都督府，隶属单于都护府；唐开元二十九年（741），今旗境属突厥政权统辖。五代十国时，今旗境属契丹辽统辖区。辽代，今旗境北部为上京道黑车子室韦地，南部属倒塌岭节度使司辖区。金代，属西京路北境。元朝时，今旗境北部属岭北行省和宁路，设有阔斡秃站（今旗吉尔嘎郎图苏木），南部属上都路辖区。明朝时，为察哈尔万户地。蒙古族塔尔尼库同率部在此游牧，其部称阿巴嘎。

清崇德六年（1641），设阿巴嘎右翼旗建制，辖境相当于今阿巴嘎旗西部地区。清顺治八年（1651），设阿巴嘎左翼旗建制，辖境包括今阿巴嘎旗东北部和锡林浩特市西部地区。两旗均设札萨克，分别管理旗务，隶属锡林郭勒盟。清康熙六年（1667），设阿巴哈纳尔右翼旗制，辖境相当于今阿巴嘎旗东部的狭长地带，设札萨克管理旗务，隶属锡林郭勒盟。

民国3年（1914），成立察哈尔特别行政区，阿巴嘎左右旗、阿巴哈纳尔右旗归察哈尔特别行政区管辖。民国17年（1928），察哈尔特区改为省。阿巴嘎左右旗、阿巴哈纳尔左右旗均归察哈尔省管辖。民国26年（1937）“七·七”事变，为伪蒙疆政府辖境。