民国初年沿袭旗制。民国3年（1914），贝子庙随锡林郭勒盟划归察哈尔特别区。民国17年（1928），改隶察哈尔省。民国22年（1933），锡林郭勒盟建立伪蒙疆联合自治政府。贝子庙地区被伪蒙疆联合自治政府控制。民国25年（1936）5月12日，在化德县成立伪蒙古军政府，将锡林郭勒、察哈尔两盟纳入管辖范围。 民国26年（1937）“七七”事变后，察哈尔省沦陷，贝子庙地区随锡林郭勒盟属伪蒙古联盟自治政府。民国28年（1939），改隶伪蒙疆联合自治政府。

1946年4月，锡林郭勒盟民主政府和内蒙古自治运动联合会锡林郭勒盟分会在贝子庙成立。1947年，在贝子庙成立中共锡（锡林郭勒）察（察哈尔）巴（巴彦塔拉）乌（乌兰察布）工委。1948年，阿巴哈纳尔左翼旗归中部中心旗工委。1949年，阿巴哈纳尔左翼旗划归锡林郭勒盟中部联合旗；阿巴哈纳尔右翼旗划归锡林郭勒盟西部联合旗。1952年5月26日，经自治区人民政府电准，中部和西部联合旗合并，统称锡林郭勒盟西部联合旗。原阿巴哈纳尔左翼旗庙由贝子爵管辖，故得名“贝子庙”。1953年9月15日，经锡林郭勒盟人民政府批准，“贝子庙”改称锡林浩特（相当于苏木级），统称西部联合旗锡林浩特人民政府。1956年7月3日，经国务院批准，将西部联合旗改称阿巴嘎旗。8月21日，锡林浩特受锡林郭勒盟直接领导，苏木级建置不变。1959年4月15日，锡林浩特升格为旗（县）级，由锡林郭勒盟直接管辖。1963年10月23日，经国务院批准，锡林浩特改设为阿巴哈纳尔旗，将阿巴嘎旗的阿尔善宝拉格、西乌珠穆沁旗的朝克乌拉牧场、军营牧场、126队、贝力克牧场等单位划归该旗行政区域，设置锡林浩特镇，归旗领导。1979年12月14日，阿巴哈纳尔旗的“哈”字改为“嘎”字。