1969年7月5日，扎赉特旗随呼伦贝尔盟（今呼伦贝尔市）划归黑龙江省。1979年5月30日，划回中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站后仍属呼伦贝尔盟。1980年7月26日，恢复兴安盟建制，扎赉特旗归属兴安盟行政公署管辖。

1984年，扎赉特旗辖10个苏木、10个乡、1个镇、164个嘎查村、20个居民委员会、1个乡级国营种畜场。

1991年，辖9个苏木、8个乡、1个镇、189个嘎查、20个居民委员会、1个乡级国营种畜场。

1997年，辖9个苏木、8个乡、4个镇、191个嘎查村、30个居民委员会、1个乡级国营种畜场。

2000年，辖3个苏木、8个乡、8个镇、194个嘎查村、1个乡级国营种畜场。

2006年，辖1个苏木、1个乡、7个镇、194个嘎查村、1个乡级国营种畜场。

2011年，辖3个苏木、3个乡、7个镇、194个嘎查村、1个乡级国营种畜场。

2017年，辖3个苏木、2个乡、8个镇、196个嘎查村、10个社区、20个居民委员会、1个乡级国营种畜场。

截至2019年，扎赉特旗辖3个苏木、2个乡、8个镇、196个嘎查村、11个社区、1个社区办、1个乡级国营种畜场。