民国元年（1912），科尔沁右翼前旗、科尔沁右翼中旗、科尔沁右翼后旗隶属奉天省，扎赉特旗属黑龙江省。这4个旗仍为哲里木盟（今通辽市）建制区域内。各旗仍设札萨克为旗首长。同年，将醴泉设治局升为醴泉县。民国3年（1914），醴泉县更名为突泉县，隶属奉天省洮昌道。

民国21年（1932）3月，伪满洲国取消哲里木盟，设置兴安南分省，科尔沁右翼三旗和扎赉特旗（驻巴彦哈剌）归属伪兴安南分省管辖。7月15日，将科尔沁右翼前旗（通称札萨克图旗）更名为西科前旗，驻乌兰哈达；科尔沁右翼后旗（通称苏鄂旗）更名为西科后旗，驻察尔森；科尔沁右翼中旗（通称图什叶图旗）更名为西科中旗，驻代钦塔拉。将索伦设治局升为喜扎嘎尔旗，隶属伪兴安南分省。民国23年（1934），兴安南分省改为兴安南省，隶属伪满洲国兴安总署（11月改为蒙政部）。12月，伪兴安南省公署宣布取消蒙古王公制度，实行蒙旗公署制，旗札萨克改为旗长。民国24年（1935）9月，伪兴安南省省会由郑家屯（达尔罕王府）迁驻王爷庙（今乌兰浩特市）。

民国32年（1943）10月，撤销伪兴安南省，改建为兴安南地区行署，管辖有科尔沁右翼三旗和喜扎嘎尔旗、扎赉特旗，隶属伪兴安总省，驻王爷庙。同年，突泉县由黑龙江省划归兴安总省管辖。