清顺治六年（1649），再封授多罗郡王世袭，四子部奉令西迁，札萨克府驻乌兰额尔济坡，几经搬迁，落脚在查干补力格（今旗查干补力格苏木），俗称四子王旗。旗境划分为28个苏木（清朝中期改为20个苏木），隶属乌兰察布盟（今乌兰察布市）。

清光绪二十九年（1903），析四子王旗部分地区归新设置的武川厅，隶山西归绥道。清光绪三十二年（1906）9月，垦务委员图伽本、宋万楫有一禀报：“统计四子王旗可开之地供在南半旗，而南半旗东西情形复不同，以土脉论则东较腴，以地气论，则西较暖。其初，四子王旗开放时，百户择肥耕种，竟趋于东，所谓东新地也。乌兰花适居其中，已成镇，民商麋集，是东南其亩几无余隙，而西面民人罕至，荒地较多”。清末放垦时，西面地也尽数开放。到民国年间，四子王旗开垦的南部农业区全部归武川县，本旗衙门管辖范围只剩旗北部荒旱草地。