1949年3月，辽北省政府决定，将科尔沁左翼前旗部分区域划入库伦旗，隶属哲里木盟（今通辽市）管辖。4月21日，库伦旗随哲里木盟划归内蒙古自治政府管辖。7月，将彰武县第五区新开河以西的勿拉好收、三家子、哈土塔拉、扣河子、白庙子、奈林稿、爱林稿、马尼土、勿力布格、大西花、龙王庙、查干初老台、苏木图等13个村划归库伦旗管辖。

1953年1月23日，库伦旗隶属中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站东部区行政公署。1954年5月21日，归属哲里木盟管辖。1957年7月20日，将辽宁省彰武县十家子乡的北敖德海屯划归库伦旗。1969年7月5日，库伦旗随哲里木盟划归吉林省管辖。1979年5月30日，划回中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站仍归哲里木盟管辖，库伦旗人民代表大会选举产生旗人大常委会和人民政府。1984年，库伦旗进行“改社建乡”体制改革，取消人民公社，分别改建镇、苏木、乡人民代表大会和人民政府。

1997年，库伦旗辖15个苏木镇、186个嘎查行政村。

1999年1月，撤销哲里木盟设立地级通辽市，库伦旗属通辽市管辖。1999年，库伦旗辖14个苏木镇、184个嘎查行政村。

2001年，辖10个苏木镇、186个嘎查行政村。

2006年，辖6个苏木镇、186个嘎查行政村。

2009年，辖7个苏木镇、186个嘎查行政村。

2013年，辖9个苏木镇、186个嘎查行政村。

截至2019年，库伦旗辖9个苏木镇、186个嘎查行政村。