1953年3月，奈曼旗隶于中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站东部区行政公署。1954年4月，撤销东部区行署，奈曼旗复隶于恢复建制的哲里木盟（今通辽市）人民政府。1969年7月5日，奈曼旗随哲里木盟划归吉林省管辖。1979年5月30日，重新划回中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站仍归哲里木盟管辖。1983年，奈曼旗人大常委会和人民政府在全旗进行“改社建乡”体制改革，取消人民公社，改建镇、苏木、乡人民代表大会和人民政府。

1997年，奈曼旗辖12个苏木、8个乡、11个镇、525个嘎查行政村。

2001年，辖7个苏木、2个乡、12个镇、355个嘎查行政村。

2004年，辖6个苏木、2个乡、13个镇、355个嘎查行政村、12个社区居委会。

2006年，辖12个苏木乡镇、355个嘎查行政村、12个社区居委会。

2012年，辖4个苏木、2个乡、8个镇、355个嘎查行政村、9个社区居委会。

2013年，辖4个苏木、2个乡、8个镇、355个嘎查村、9个社区居委会。1个经济开发区，

截至2019年，奈曼旗辖4个苏木、2个乡、8个镇、355个嘎查村、9个社区居委会、1个经济开发区。