1947年5月，扎鲁特旗划归辽吉省哲里木盟（今通辽市），7月，成立扎鲁特旗民主政府（驻鲁北）。1948年8月，辽吉省撤销后，扎鲁特旗隶属于辽北省哲里木盟。1949年4月，东北行政委员会令，撤销鲁北县，扎鲁特旗随哲里木盟划归内蒙古自治政府管辖。1949年10月1日，扎鲁特旗民主政府改为扎鲁特旗人民政府。

1953年1月，扎鲁特旗人民政府隶属中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站东部区行政公署。1954年，扎鲁特旗归属恢复后的哲里木盟管辖。1969年7月5日，扎鲁特旗随哲里木盟划入吉林省。1979年5月30日，划回中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站仍属哲里木盟管辖。1984年，扎鲁特旗人大常委会和人民政府在全旗进行“改社建乡”体制改革，取消人民公社，分别成立镇、苏木、乡人民代表大会和人民政府。

1997年，扎鲁特旗辖25个苏木镇、252个行政嘎查村。

2004年，辖11个苏木、7个镇、245个嘎查村。

2007年，辖4个苏木、7个镇、206个行政嘎查村。

2013年，辖15个苏木镇、206个行政嘎查村。

截至2019年，扎鲁特旗辖15个苏木镇、206个行政嘎查村。