商周至秦朝时期，今扎鲁特旗区域属东胡。汉朝至西晋时期，今旗境基本属鲜卑。东晋至南北朝时期，今旗境基本属契丹。隋大业八年（612），今旗境属霫。唐总章二年（669），今旗境属居延都督府（霫）辖区内。辽天庆元年（1111），置有预州和宁州（二州治所约在今扎鲁特旗境内），今旗境属上京道临潢府。金大定二十九年（1189），今旗境属临潢府路管辖区内。元至顺元年（1330），今旗境属辽阳行省宁昌路辖区内。

明永乐元年（1403），今旗境属奴儿干都司泰宁卫辖区内。明嘉靖三十九年（1560），内喀尔喀五部征服三卫之一的泰宁卫，附属于察哈尔部。乌巴什继承其父和尔朔齐哈萨尔诺颜之位，自称伟徵诺颜，驻牧于泰宁东部，对所管辖的部号称扎鲁特。后金天聪二年（1628），乌巴什之孙内齐、色本等先后率部附清。清崇德四年（1639），清朝编扎鲁特部为扎鲁特札萨克旗。清顺治五年（1648），清朝封内齐为多罗贝勒、色本为多罗达尔罕贝勒爵位，并分置扎鲁特左翼旗、扎鲁特右翼旗，两旗均为札萨克世袭旗，隶属昭乌达盟。