1949年6月，清水河县解放，全县划分为6个区、47个行政村（其中城关和喇嘛湾是两个镇），属和林专员公署（原绥南公署）。1950年，清水河县人民政府隶属萨县专署，1952年11月，属集宁专署，1954年3月，属中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站平地泉行政区。1956年8月9日，将和林县崞县窑乡的13号、8号、20号、16号、17号等5个村划入清水河县。1957年，全县将农业区划分为26个高级农业合作社。

1958年，成立13个人民公社。1959年，合并成为6个人民公社。1961年，再次划为13个人民公社。1967年，调整为14个人民公社。1984年“改社建乡”，撤销人民公社建制，建立2镇12个乡。1995年11月21日，经国务院批准，将乌兰察布盟（今乌兰察布市）所属清水河县划归呼和浩特市管辖。12月29日，内蒙古自治区人民政府在集宁市（今乌兰察布市集宁区）召开将清水河县划归呼和浩特市交接协调会议。