民国元年（1912）5月，改为清水河县（知事），属绥远城将军监辖。民国3年（1914），清水河县属绥远特别区都统管辖。同年8月属绥远特别区绥远道（道尹）管辖。民国17年（1928）9月20日，清水河县属绥远临时区政府。民国18年（1929）1月，归属绥远省政府。同时，清水河县署（知事）改为清水河县政府（县长）。全县划分为4个区、17个乡、557个自然村。民国26年（1937）12月，清水河县属伪蒙古联盟自治政府巴彦塔拉盟管辖。

民国27年（1938）6月，将清水河县战地动员委员会改建为清水河县牺牲救国同盟会。民国28年（1939）1月，中共清水河县委与中共平鲁县委合并建立中共清（水河）平（鲁）县委和清（水河）平（鲁）县抗日民主政府。同年秋，又成立凉（城）和（林格尔）清（水河）抗日民主县政府，隶属中共雁北地委领导。民国29年（1940），建立托（克托）和（林格尔）清（水河）抗日民主县政府，隶属大青山抗日根据地绥南专员公署。民国31年（1942）5月，成立偏（关）清（水河）办事处，领导和组织反扫荡斗争。民国34年（1945）5、6月间，成立中共清水河县委和抗日民主县政府。8月，清水河县获第一次解放。民国36年（1947）3月，成立托（克托）和（林格尔）清（水河）游击民主政府。后又在游击区成立清水河民主县政府。