五代晋天祐五年（908），今清水河县境属晋之胜州；唐清泰元年（934），今县浑河南部地区属唐，浑河北地属契丹，后全境入契丹管辖地。辽保大二年（1122）四月，设置宁边州（治所在今县窑沟乡下古城湾古城），属西京道大同府。金天德二年（1150），沿置宁边州（治所在今县窑沟乡下古城湾古城），隶属西京路总管府。元至顺元年（1330），今县境北部属中书省河东山西道宣尉司大同路东胜州（治所在今托克托县），南部属武州（治所今山西省境）。

明正统十四年（1449）以前，今县境属镇虏卫（今托克托县黑城乡）和东胜卫（今托克托县城关）。明万历十年（1582）时，今县为土默特部驻牧地。明末称清水营。清崇德元年（1636），今清水河县境属土默特左翼旗管辖区域内。清乾隆元年（1736），设置清水河协理通判；清乾隆二十五年（1760），升为清水河理事通判厅，隶属归绥道。清光绪十年（1884），改为清水河抚民理事通判厅，属归绥道。