金大定二十九年（1189），金朝沿袭东胜州，并在东胜州东侧扩建子城（名小皇城），隶属西京道大同府（驻云中，今大同市境内）。元至顺元年（1330），沿置东胜州（治所今县城关镇北），隶属中书省大同路。

明洪武四年（1371），改东胜州为东胜卫，属山西行都司。明洪武二十五年（1392），改东胜卫为东胜左卫，次年修筑东胜城外面大城（今县城关镇城库联），并置镇虏卫（治所在今县黑城乡）屯军。明嘉靖年间（1522—1566），西土默特部首领阿勒坦汗的义子怯台吉名脱脱（妥妥）率部驻东胜城，因怯台吉脱脱常驻牧于东胜城，遂名脱脱（妥妥）城（今县城关镇境北。有记载：“相传为元丞相脱脱所筑，也称脱脱城，托克托城”，在今托克托县城关镇北，文物考古者称谓东沙岗古城遗址）。

清崇德元年（1636）四月十一日，清朝编土默特右翼旗，今托克托县境属其管辖区域。