1949年9月19日，土默特旗和平解放，土默特旗政府直属绥远省，归绥县属包头专员公署。1950年3月，土默特旗人民政府成立，驻归绥市（今呼和浩特市议事厅巷），仍沿袭“蒙汉分治”（土默特旗管理归绥、托克托、和林格尔、清水河、萨拉齐、武川等县区域蒙古族居民的事务，有关各县人民政府管理本县汉族居民的事务）。

1950年3月21日，绥远省发布命令，将归绥县仍划归包头专员公署管辖，1952年，改属集宁专员公署。1954年，撤销归绥县建制，土默特旗行政区域以原归绥县行政区域为基础，仅作个别地方调整，确定管辖544个自然村，旗人民政府驻呼和浩特市，属平地泉行政区。解决“旗县并存，蒙汉分治”历史遗留的问题。

1956年5月，将土默特旗的林坝乡划归和林格尔县。1956年9月20日，将台阁牧以东的17个乡、1个村划入呼和浩特市郊区（今呼和浩特市赛罕区），土默特旗人民政府改称土默特旗人民委员会。1958年4月2日，撤销萨拉齐县建制，其区域的大部划归土默特旗，旗人民委员会移驻察素齐，属乌兰察布盟（今乌兰察布市）。5月，将桃花、沙尔沁、沙尔营、白庙子4个乡划归呼和浩特市郊区。同年，土默特旗区域划分为12个人民公社。