清雍正十三年（1735），建归化城土默特议事厅。初为副都统署内设兵司和户司。归化城土默特左右两翼旗都统、副都统之下设十二参领，在此办理旗内军事、民事各项事务。清乾隆六年（1741），设土默特别旗都统、副都统管理土默特蒙民事务，汉民事务分别由归化城抚民理事同知厅、萨拉齐协理通判管理，隶属归绥道。清乾隆二十一年（1756），清朝设置土默特札萨克旗，封辅国公爵位，由土默特划出后山的4个苏木为其区域，会盟于乌兰察布盟（今乌兰察布市）。清乾隆二十五年（1760），因喇嘛扎布“违例妄行”，被清朝撤销辅国公爵位和土默特札萨克旗建制。清乾隆二十六年（1761），裁土默特都统1人，清乾隆二十八年（1763），复裁土默特都统1人，清乾隆三十一年（1766），又裁土默特副都统1人，只设副都统1人，受绥远城将军管辖。