清崇德元年（1636）四月十一日，清朝编归化城（今呼和浩特市）土默特部3300余丁为土默特左翼旗和土默特右翼旗，土默特部古禄格为左翼旗都统，都统府驻归化城今大北街西侧。土默特左翼旗行政区域“包括今之和林格尔、清水河、武川以及呼和浩特市以南、以北、以东之郊区”。

今土默特左旗区域大部属当时的土默特右翼旗辖区东部地。清朝时，土默特区域划为十二甲浪，简称“十二甲”，每一甲浪设参领。每一参领管辖5个苏木，苏木长叫佐领，蒙古语称章盖，每一章盖管150户正户。佐领中有30个为世袭的，称世管佐领；有30个为不能世袭的，称公中佐领。参领均为公职，12参领中有2个是召集人，一个称兵司官房，主要负责军事事务；一个称户司官房，着重负责民政事务。这种建制具有归化城土默特左、右两翼旗的特点。

清雍正元年（1723），清朝在归化城设置归化城理事同知（从此，旗境内实行蒙汉分治）。