清康熙二十九年（1690），清朝任命裕亲王福全为驻防归化城（今玉泉区境内）抚远大将军。清康熙三十年（1691），在归化城又建一道外城，东门名“承恩”、南门名“归化”、西门名“柔远”，原城北门名“建威”。

清康熙三十二年（1693），清朝任命领侍卫内大臣费扬古为驻防归化城安北将军。清康熙三十四年（1695），费扬古被授右卫将军，兼摄归化城将军事，授抚远大将军。费公祠（在今玉泉区长和廊街道办事处玉泉二巷），为归化城内商民为之建生祠。这时，归化城已成为清朝加强对漠南蒙古控制的重要镇守之地。清康熙三十五年（1696），康熙颁令开辟归化城为商埠。

清雍正元年（1723）八月，设置归化城理事同知（厅衙门驻归化城）。清乾隆六年（1741），设置山西总理旗民蒙古事务分巡道，管辖归化城理事同知等厅。清乾隆二十八年（1763），裁归化城都统，并停袭土默特二旗都统，只设副都统衙门，驻原土默特左翼旗都统府（今大北街西侧），隶属绥远城将军。