清崇德元年（1636），清朝编设归化城土默特部为土默特左翼旗、土默特右翼旗，各设都统均驻归化城。清康熙二十九年（1690），任命裕亲王为抚远大将军，驻守归化城。清康熙三十二年（1693）五月，任命领侍卫内大臣费扬古为安北将军，驻守归化城，总管归化城官兵，实行屯兵防守，对漠南蒙古加强控制。清雍正元年（1723），清朝设置归化城理事同知，治所在今呼和浩特市，隶属山西大同府。呼和浩特地区的蒙汉分治由此开始。

清乾隆元年至四年（1736—1739），建绥远城，清朝赐名“绥远”，并任命绥远城将军驻守。同时，在绥远城设置理事同知（今新城区粮饷府街），专管驻军粮饷。清乾隆六年（1741），设置山西总理旗民蒙古事务分巡归绥道（道台衙署驻扎达盖河西岸）。归绥道管辖归化城抚民理事同知厅、绥远城理事同知厅和先后设置的和林格尔、托克托、清水河等协理通判厅（后改为理事通判厅、抚民理事通判厅）。清乾隆二十六年（1761），裁归化城土默特都统1人。清乾隆二十八年（1763），裁归化城都统，只设副都统管理归化城和土默特二旗事务，受绥远城将军管辖。从此，归化城副都统与归绥道分别受绥远城将军领导。归化城副都统级官职一直延续到清朝末年。

清光绪二十八年（1902），析归化城厅辖北境设置武川厅，隶属归绥道。