明永乐元年（1403），卫所南迁。明宣德元年（1426），恢复丰州，改云内州为云内县，隶属丰州。明景泰元年（1450）以前，州县迁徙山西。明成化年间（1465—1487），达延汗与其夫人满都海彻辰“统一了蒙古诸部，实行六部万户的政治体制”。右翼万户之一的土默特部万户统辖今呼和浩特地区。明嘉靖年间（1522—1566），达延汗嫡孙阿勒坦汗所领土默特部驻牧于今呼和浩特平原，开发丰州滩，筑“板申”“开云内、丰州地万顷，连村数百”（“板申”为蒙古语，意为房子）。因土默特部长期驻牧这一地区，又以土默川著称。明隆庆五年（1571）五月，阿勒坦汗（即俺答汗）至大同得胜堡，受明朝所封顺义王称号。明隆庆六年（1572），阿勒坦汗在丰州滩筑库库和屯（今呼和浩特玉泉区境）。明万历三年（1575），明朝应顺义王阿拉坦汗之请赐库库和屯名“归化”城。清代，西土默特又称归化城土默特。