今莫力达瓦达斡尔族自治旗区域，秦朝属东胡，西汉属鲜卑，东汉至西晋属夫余，东晋属乌洛侯，隋朝属室韦，唐朝属“黑水府辖地”。辽天庆元年（1111），今旗境属上京道乌古敌烈统军司辖区东部地。金大定二十九年（1189），今旗境属临潢府路，建有“达理带石堡子”。元至顺元年（1330），今旗境分属辽阳行省的开元路和泰宁路。明永乐元年至宣德八年（1403—1433），今旗境属奴儿干都司所属阿伦卫。 

清崇德年间（1636—1643），达斡尔族人建多金屯等。清康熙二十二年（1683），清政府在黑龙江城设置黑龙江将军，划原属宁古塔将军管辖地方的西部、北部为黑龙江将军管辖，今旗境在其区域内。清康熙二十三年（1684），设布特哈打牲处总管1员，副总管2员。清康熙三十年（1691），在后宜卧奇（今旗尼尔基镇境内）设置布特哈总管衙门，其管辖区域有今莫力达瓦达斡尔族自治旗、鄂伦春自治旗、阿荣旗、扎兰屯市等区域，受黑龙江将军管辖。 

清雍正九年（1731），规定旗色，在原三“扎兰”、五“阿巴”的基础上组建布特哈八旗，由布特哈总管衙门总理布特哈八旗各项事务，总管衙门仍归黑龙江将军管辖。清嘉庆二十五年（1820），在伊倭奇（今旗尼尔基镇境内），置布特哈衙门，隶属黑龙江墨尔根副都统辖区内。清光绪三十二年（1906），裁撤布特哈副都统，以嫩江为界分设东、西布特哈总管衙门，西布特哈总管衙门管辖今莫力达瓦达斡尔族自治旗、鄂伦春自治旗、阿荣旗、扎兰屯市及黑龙江省甘南县等地区。西布特哈总管仍设在后宜卧奇屯（今旗尼尔基镇境内），隶属于黑龙江将军。