1954年，兴安盟并入呼伦贝尔纳文慕仁盟，称呼伦贝尔盟，鄂伦春自治旗归呼伦贝尔盟管辖。1955年，鄂伦春自治旗人民政府改为鄂伦春自治旗人民委员会（旗长）。1959年1月15日，经国务院批准，鄂伦春自治旗人民委员会驻地由小二沟迁至阿里河镇，同时将喜桂图旗的甘河、克一河地区划入鄂伦春自治旗境。

1960年，建加格达奇镇。1966年5月，加格达奇镇归大兴安岭特区管理（行政区划仍属鄂伦春自治旗）。1967年12月26日，鄂伦春自治旗成立革命委员会（主任），隶属呼伦贝尔盟革命委员会。1969年7月5日，鄂伦春自治旗划归黑龙江省大兴安岭地区管辖。1979年5月30日，划回中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站仍归呼伦贝尔盟管辖。

1988年，鄂伦春自治旗辖6个镇、8个乡。

1989年，辖7个镇、5个乡。

1994年，辖8个镇、4个乡。

1996年，辖7个镇、4个乡。

1997年，辖9个镇、3个乡、89个村民委员会。

1998年，辖8个镇、4个乡。

2002年，辖8个镇、2个乡。

2007年，辖6个镇、1个乡。

2012年，辖8个镇、2个乡、82个行政村。

截至2019年，鄂伦春自治旗辖8个镇、2个乡、82个行政村。