民国15年（1926），今鄂伦春自治旗境属黑龙江省龙江道管辖。民国21年（1932），伪满洲国设兴安东分省辖大兴安岭以东地区；兴安北分省辖大兴安岭以西地区。民国23年（1934），兴安东分省和兴安北分省改为兴安东省和兴安北省。民国32年（1943）10月，今旗境属兴安总省所辖兴安东地区行署管辖区。

1945年，今旗境属兴安省。1946年6月，在原兴安东省辖区建立纳文慕仁省（后改称纳文慕仁盟），今鄂伦春自治旗境隶属纳文慕仁盟。1948年7月，成立鄂伦春努图克政府，隶属巴彦旗。1949年4月，纳文慕仁盟同呼伦贝尔盟合并，称呼伦贝尔纳文慕仁盟（简称呼纳盟），同时将巴彦旗和莫力达瓦旗合并，称莫力达瓦旗，诺敏和鄂伦春努图克隶属莫力达瓦旗。

1950年，鄂伦春努图克改称甘奎努图克。在原托河路地域建立托扎敏努图克，隶属喜桂图旗。1951年4月7日，党中央人民政府政务院批准，设置鄂伦春旗，划喜桂图旗的托扎明、莫力达瓦旗的甘奎、诺敏、多布库尔4个苏木为其行政区域，隶属呼伦贝尔纳文慕仁盟管辖。1952年5月31日，经党中央人民政府内务部批准，将鄂伦春旗人民政府改建为鄂伦春自治旗人民政府。