1966年1月18日，经国务院批准，撤销额尔古纳旗，分设额尔古纳左、右两旗，额尔古纳右旗人民委员会驻三河镇。1969年7月5日，额尔古纳右旗随呼伦贝尔市划归黑龙江省管辖。1971年7月，黑龙江省批准额尔古纳右旗政府由三河镇迁至拉布大林镇。1979年5月30日，额尔古纳右旗随呼伦贝尔盟（今呼伦贝尔市）划回中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站管辖。1994年7月13日，经国务院批准，撤销额尔古纳右旗，改建额尔古纳市，以原额尔古纳右旗的区域为额尔古纳市的行政区域，市人民政府驻拉布大林镇，隶属于呼伦贝尔盟行政公署。

1994年，额尔古纳市辖10个乡镇、6个国营农牧场、1个国家主伐林业局、5个行政村、74个自然屯。

2003年，辖3个乡、2个镇、1个办事处。

2006年，辖2个乡、2个镇、2个办事处、6个国有农牧场、1个国有森林工业公司、1个原始林区管护局、2个国家一类陆路口岸。

2012年，辖2个乡、3个镇、2个办事处、1个苏木。

2014年，辖3个乡、3个镇、2个街道办事处、1个苏木。

截至2019年，额尔古纳市辖3个乡、3个镇、2个街道办事处、1个苏木。