民国元年（1912），撤销吉拉林设治局。民国9年（1920），设置室韦县，先驻吉拉林（今室韦镇），后驻苏沁屯（今三河回族乡）；同时置奇乾设治局，治所在今额尔古纳市奇乾乡。上述两县隶属于呼伦贝尔善后督办。民国10年（1921），奇乾设治局改奇乾县。民国15年（1926），今市境属黑龙江省海满道室韦、奇乾两县分治。

民国22年（1933），伪满洲国取消室韦县和奇乾县，改为办事处。7月12日，将原室韦县境划为额尔古纳左翼旗（简称东额旗），旗公署设于奈如穆图（今三河回族乡），将原奇乾县境划为额尔古纳右翼旗（简称西额旗），旗公署设于吉如穆图（今奇乾乡）。隶属于伪满洲国兴安北省。 

1945年9月，额尔古纳右翼旗隶属于兴安省呼伦贝尔地区。1946年3月，经呼伦贝尔自治政府批准，成立额尔古纳左翼和额尔古纳右翼两个旗公署。额尔古纳右翼旗隶属呼伦贝尔临时自治地方政府。1947年，额尔古纳右翼旗与额尔古纳左翼旗合并组建额尔古纳旗。