额尔古纳市位于呼伦贝尔市境西北，大兴安岭西北麓，额尔古纳河东岸。东邻根河市，东北与黑龙江省漠河县交界，东南与牙克石市接壤，南与陈巴尔虎旗毗连，西隔额尔古纳河与俄罗斯交界，边境线长667公里。市境东西最宽处100余公里，南北长约600公里，面积28000平方公里。

额尔古纳市地形东高西低，中部高南北低，这一地势特征使境内河流顺应其地形大势，由东部和中部向北、西、南三面分流。境内最高点为阿拉齐山，海拔高度1421米。最低点为恩和哈达河口西岸，海拔高度308.2米。属北寒温带大陆性季风气候，虽处于东南季风的背风面，因大兴安岭的阻挡作用，受来自东南海洋性暖湿气流的影响较小，但来自鄂霍次克海的暖湿气流沿黑龙江河谷到达额尔古纳地区，因此，额尔古纳市成为呼伦贝尔市降水量高值区之一，产汇流条件好，水蚀作用强，河网密集，河川径流量丰沛。

额尔古纳市自然资源丰富，北部山区原始森林密布，生长着兴安落叶松、樟子松、白桦、黑桦、山杨等多种树木。境内植物种类繁多，野生浆果以越桔（俗称红豆）、笃斯越桔（俗称笃斯、都柿、兰甸果等）为主，另有水葡萄、草莓、山丁子、稠李子、刺玫果等20余个品种。雨季，森林中、草原上，野生食用菌大量萌生，品种多达110余种，其中白蘑、花脸蘑、桦树蘑、草蘑产量最高，猴头蘑、黑木耳最为珍贵。药用植物有400余种，其中黄芪、荆芥、赤芍、玉竹、佛手参、柴胡等44种分布较广，利用价值较高。额尔古纳市矿产资源丰富，种类较多。额尔古纳河河谷地带，砂金储量颇丰，素有“金镶边”之美称。此外，萤石、铁、铜、铅、锌、相、锡等矿产都有一定数量的分布。