今根河市行政区域，战国、秦朝为东胡驻地，汉代为匈奴左贤王庭辖地。三国、西晋时属鲜卑，南北朝、隋朝属室韦。唐开元二十九年（741）时，今根河市境属河北道室韦都督府辖区。辽天庆元年（1111），今根河市境属上京道乌古敌烈统军司辖乌古部地。金代归东北路招讨司所辖，为扎答兰部和翁吉剌部驻地。

元至顺元年（1330），今市境属岭北行省齐王部辖区内。明永乐年间，设置坚河卫（治所约在今根河市境），隶属奴儿干都司。清乾隆七年（1742），今市境属呼伦贝尔总管辖区内，隶属黑龙江。清光绪三十四年（1908），今市境分属呼伦道呼伦厅、室韦厅。

民国元年（1912），今市境属“呼伦贝尔自治政府”。民国4年（1915），属呼伦贝尔特别区。民国9年（1920），在额尔古纳河东岸设置室韦县、奇乾设治局，今市区域由二县分治，隶属于呼伦贝尔善后督办。民国10年（1921），奇乾设治局改奇乾县。民国15年（1926），今市境属海满道室韦县、奇乾县。

民国22年（1933），伪满洲国撤销室韦、奇乾两县，改为办事处。7月12日，将原室韦县境划为额尔古纳左翼旗（简称东额旗），旗公署设于奈勒穆图（今三河镇），隶属于伪兴安北分省。将原奇乾县境划为额尔古纳右翼旗（简称西额旗），旗公署设于吉儒穆图（今奇乾乡），

民国35年（1946）3月，成立额尔古纳左翼旗公署和额尔古纳右翼旗公署，额尔古纳左旗属呼伦贝尔临时自治政府管辖。