1946年5月16日，中共西满军区护路军部队进驻扎赉诺尔市（今扎赉诺尔区）。5月17日，进驻满洲里市。8月5日，接管满洲里市政府和扎赉诺尔市政府，建立人民政权。1948年1月1日，呼伦贝尔地方政府取消自治，建立呼伦贝尔盟（今呼伦贝尔市）政府，隶属于内蒙古自治政府，满洲里市和扎赉诺尔市均随同归入内蒙古自治政府。1949年4月，内蒙古自治政府决定撤销扎赉诺尔市，其区域并入满洲里市。

1951年1月17日，成立中国人民解放军满洲里市军事管制委员会，隶属东北人民政府。11月8日，党中央人民政府政务院电令，撤销满洲里市军事管制委员会，成立满洲里市军政委员会，隶属东北人民政府。1953年3月，撤销满洲里市军政委员会，满洲里市人民政府行使行政权。5月10日，党中央人民政府政务院决定，满洲里市为内蒙古自治区人民政府辖市（委托中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站东部行政公署具体指导）。1954年4月，满洲里市政府改称满洲里市人民政府。5月21日，将满洲里市改为呼伦贝尔盟辖市。1955年5月25日，满洲里市人民政府改称满洲里市人民委员会。1957年，在扎赉诺尔矿区设置县级区人民政府。

1969年7月5日，满洲里市随呼伦贝尔盟划归黑龙江省管辖。1979年5月30日，满洲里市随呼伦贝尔盟划回中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站，为县级市。1980年10月24日，满洲里市革命委员会被撤销，恢复满洲里市人民政府。1984年7月1日，满洲里市被国家定为乙级开放城市。1985年1月23日，经内蒙古自治区人民政府批准，满洲里市为准地级市。6月1日，满洲里市被国家定为甲级开放城市。

1992年，满洲里市辖5个区。同年3月9日，国务院批准满洲里市为国家沿边开放城市。

2002年，辖1个区、10个街道办事处、1个镇。

2005年，辖4个区、10个街道办事处、1个镇、42个社区居委会。

2016年，辖9个区。

截至2019年，满洲里市辖8个区、5个街道办事处。