1954年5月21日，撤销中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站东部区行政公署，设立呼伦贝尔盟（今呼伦贝尔市）人民政府，海拉尔市（今呼伦贝尔市海拉尔区）人民政府受其领导。1955年8月，海拉尔市人民政府改称海拉尔市人民委员会。

1968年1月21日，撤销海拉尔市人民委员会，设立海拉尔市革命委员会，隶属呼伦贝尔盟革命委员会。1969年7月5日，海拉尔市随呼伦贝尔盟划归黑龙江省管辖；1979年5月30日，海拉尔市随呼伦贝尔盟划回中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站。

1980年8月，海拉尔市革命委员会撤销，恢复海拉尔市人民政府建制，受中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站呼伦贝尔盟行政公署领导。1987年，国家批准海拉尔市为经济体制改革试验区。1990年，海拉尔市人民政府隶属中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站呼伦贝尔盟。

1997年，海拉尔市辖1个镇、3个乡、6个街道办事处。

2000年，辖4个镇、6个街道办事处。

2001年10月10日，撤销呼伦贝尔盟设立地级呼伦贝尔市；撤销海拉尔市设立海拉尔区。

2003年，海拉尔区辖3个镇、6个街道办事处。

2007年，辖1个镇、7个街道办事处。

2011年，辖2个镇、6个街道办事处。

2018年，辖2个镇、7个街道办事处、17个行政村、46个社区委员会。

截至2019年，海拉尔区辖2个镇、7个街道办事处、17个行政村、46个社区。