1945年10月8日，呼伦贝尔省政府在海拉尔（今呼伦贝尔市海拉尔区）成立。1946年3月27日，纳文慕仁省政府在扎兰屯成立，辖兴安东地区布特哈、阿荣、巴彦、莫力达瓦等旗。呼伦贝尔省政府改称呼伦贝尔临时地方自治政府，驻海拉尔，辖岭西各旗市，纳文慕仁省政府辖岭东各旗。1948年1月1日，呼伦贝尔地方自治政府改称呼伦贝尔盟政府，隶属于自治政府。同年，额尔古纳左翼旗和额尔古纳右翼旗合并为额尔古纳旗。1949年4月11日，呼伦贝尔盟（今呼伦贝尔市）和纳文慕仁盟合并，称呼伦贝尔纳文慕仁盟，简称呼纳盟，盟政府驻海拉尔。同时，将莫力达瓦旗同巴彦旗合并，称莫力达瓦旗；将扎赉诺尔市并入满洲里市，即扎赉诺尔矿区。

1950年1月，呼伦贝尔纳文慕仁盟政府改称呼伦贝尔纳文慕仁盟人民政府。同年，建喜桂图旗。1951年4月7日，建鄂伦春旗，旗政府设在小二沟。1953年4月1日，成立中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站东部行政公署，简称东部行署，署址设在乌兰浩特，同时撤销哲里木（今通辽）、兴安、呼纳三个盟的建制。海拉尔、满洲里为中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站的直辖市，其工作由东部行署代管。1954年5月31日，撤销东部区行政公署，将原兴安盟和呼纳盟所辖地区合并，称呼伦贝尔盟。成立呼伦贝尔盟人民政府，直属中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站领导，盟政府设在海拉尔。1957年2月21日，呼伦贝尔盟人民政府改称呼伦贝尔盟人民委员会。1958年6月1日，撤销呼伦贝尔盟人民委员会，改为内蒙古自治区人民政府的派出机构，设行政公署于海拉尔市，称呼伦贝尔盟行政公署。8月1日，撤销索伦旗，建鄂温克族自治旗。8月15日，撤销莫力达瓦旗，建莫力达瓦达斡尔族自治旗。1959年5月，新巴尔虎左翼旗改称新巴尔虎左旗，新巴尔虎右翼旗改称新巴尔虎右旗。

1965年10月1日，科尔沁右翼中旗从呼伦贝尔盟划出，归哲里木盟建制。1966年4月，额尔古纳旗分为额尔古纳左旗和额尔古纳右旗，额尔古纳左旗政府设在根河镇，额尔古纳右旗政府设在三河镇。1967年12月20日，建呼伦贝尔盟革命委员会，为临时权力机构，行使原呼伦贝尔盟行政公署职权。1969年8月1日，呼伦贝尔盟划入黑龙江省建制，科尔沁右翼前旗、突泉县划入吉林省白城地区。

1970年4月，莫力达瓦达斡尔族自治旗、鄂伦春自治旗划入黑龙江省大兴安岭地区。1980年7月，恢复兴安盟建制，将科尔沁右翼前旗、扎赉特旗和突泉县划归兴安盟。同年，呼伦贝尔盟革命委员会撤销，建立呼伦贝尔盟行政公署。1983年10月，撤销喜桂图旗，建牙克石市；撤销布特哈旗，建扎兰屯市。1985年1月，满洲里市升为准地级市。

1990年，呼伦贝尔盟辖13个旗市、62个镇、46个乡、11个民族乡、36个苏木、1个民族苏木、25个街道办事处，另有市辖矿区1个、旗辖矿区1个。

1994年，国务院批准撤销额尔古纳左旗，设立根河市；撤销额尔古纳右旗，设立额尔古纳市。

2000年，呼伦贝尔盟辖13个旗市、74个镇、23个乡、25个苏木、32个街道办事处。

2001年10月10日，国务院批准撤销呼伦贝尔盟，设立地级呼伦贝尔市。

2005年，呼伦贝尔市辖13个旗市、66个镇、23个乡、25个苏木、32个街道办事处。

2006年，辖13个旗市、49个镇、15个乡、9个苏木、38个街道办事处。

2013年，辖14个旗市、64个镇、17个乡、19个苏木、41个街道办事处。

2018年，辖14个旗市、68个镇、19个乡、19个苏木、36个街道办事处。

截至2019年，呼伦贝尔市辖14个旗市、68个镇、19个乡、19个苏木、36个街道办事处。