民国3年（1914），杭锦旗随伊克昭盟（今鄂尔多斯市）划归绥远特别区。民国17年（1928），隶属绥远省伊克昭盟。民国25年（1936）时，杭锦旗设立“文武衙门，文衙门即原有之旗政府，武衙门乃该旗骑兵保安公署”。“札萨克为一旗之最高行政长官，系世袭”。旗政府将旗内民户、区域划分为36个苏木（亦称佐，各设章盖，为直接管理蒙民户口之官）；将苏木组合为8个札兰章京（亦称参领），承旗政府东西梅楞之命，指挥各苏木章盖办理基层事务。

民国29年（1940），绥远省在黄河南岸杭锦旗境垦区与鄂托克旗境垦区设置桃力民办事处（县级），约管辖旗境三分之一的地区（包括今旗辖巴拉亥乡、杭锦淖尔乡、胜利乡、四十里梁乡、阿门其日格乡、塔然高勒乡、夭斯图苏木及呼和木都苏木东部地等）。隶属绥远省第三行政督察专员公署（驻东胜）管辖。