今杭锦旗地区，秦始皇二十六年（公元前221年），北属九原郡（郡治今包头市西），南属榆中郡。秦末汉初为匈奴占据。西汉元朔二年（公元前127年），置朔方郡，治所朔方（今杭锦旗北境）（有记载郡治在今磴口县陶升井麻弥图古城；西汉元始二年，公元2年朔方郡治在今杭锦旗独贵塔拉镇境）。朔方郡辖县在今杭锦旗境置有朔方、呼遒（旗境东北）、修都（今锡尼镇西）、渠搜（东部都尉驻地，今旗境东北）等县。西汉元封元年（公元前110年）冬，汉武帝出巡曾从云阳直到朔方。东汉永和五年（140）县治废，地属匈奴。三国、西晋时期，今旗境属羌族政权统辖地。