清顺治六年（1649），以诺延达喇济农据有的四营为主，编为鄂尔多斯左翼中旗（当时辖境相当于今伊金霍洛旗、东胜区的大部，杭锦旗和达拉特旗各一部，以及陕西省神木县长城以北地区）。清朝封多罗郡王额璘臣领札萨克，故又称郡王旗，下辖4参领17佐领。

清乾隆元年（1736），析鄂尔多斯左翼中旗地一部分和鄂尔多斯右翼前旗（乌审旗）东边地，增置鄂尔多斯右翼前末旗（当时辖境相当于今伊金霍洛旗西南部和陕西省榆林、神木两县长城以北部分地），以定咱拉什为札萨克，俗称札萨克旗。下辖3参领、12佐领；还有随成吉思汗陵寝的达尔扈特部落驻牧地亦划于旗境。

清康熙三十六年（1697），开始放垦长城北沿界牌地，允许汉人进入耕种。清乾隆八年（1743），向北延伸开垦“黑界地”。随着蒙地陆续开垦，移入汉族农民越来越多，蒙汉民交涉事宜，初由神木理事司员查旗协理，后来将南部垦区分别划属神木、府谷县管辖。