1948年5月，准格尔旗大部地区解放，设立准格尔旗临时自治政务委员会。并将原属13个达庆牌改建为达庆委员会，辖53个达尔古牌，280个小达尔古。隶属中共伊东工委。1950年8月，成立准格尔旗人民政府，驻沙圪堵，隶属伊克昭盟（今鄂尔多斯市）自治区人民政府。同年，将山西省河曲县管辖之十里长滩区（今长滩乡、马栅镇）划归准格尔旗管辖。全旗行政区划分为14个区，84个乡；将原达尔古改为自然村或艾里。

1955年1月，将原旗辖黄河北岸的2个区、14个乡划归萨拉齐县（今土默特右旗）。同年，全旗调整为12个区，69个乡。1957年，调整为9个区，37个乡，1个镇。1958年，撤销6个区，有38个乡。同年12月，全旗撤销区乡建制，成立8个人民公社，辖31个管理区、132个生产大队。1961年后经过调整，全旗有25个人民公社。1976年，设置沙圪堵镇（下辖6个居民委员会）。

1983年，全旗进行行政建制体制改革，废除农村人民公社制度，建立乡镇人民代表大会和乡镇人民政府。1987年6月，全旗设置2个镇、25个乡。1990年，为适应国家准格尔煤田矿区建设，新建薛家湾镇。1996年，将榆树湾镇与马栅乡合并，改建马栅镇。